Python-Programm "Genipe" - TypeError: __init __() hat ein unerwartetes Schlüsselwort-Argument 'normalisieren'

Question

Ich versuche, das Programm Genipe zu tun, um einige genomweite Überlebensanalyse zu tun. Ich habe Genipe und alle relevanten Verzeichnisse installiert. Allerdings, wenn ich gehen, um das Programm auszuführen, erhalte ich die Fehlermeldung:

„Typeerror: _ init _() bekam ein unerwartetes Stichwort Argument‚normalisieren‘“

Ich habe nichts von der genipe bearbeitet Skripte und ich habe Genipe ohne Probleme auf einem anderen Server laufen, so dass ich nicht sicher bin, was schief geht! Jede Hilfe würde sehr geschätzt werden.

Vielen Dank,

Caragh

Edit: Ich verwende Python-Version 3.6.1

Traceback wie folgt:

Traceback (most recent call last): 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 119, in worker 
    result = (True, func(*args, **kwds)) 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 44, in mapstar 
    return list(map(*args)) 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 965, in process_impute2_site 
    use_ml=site_info.use_ml, 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 1048, in fit_cox 
    cf = CoxPHFitter(alpha=0.95, tie_method="Efron", normalize=False) 
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize' 
""" 

The above exception was the direct cause of the following exception: 

Traceback (most recent call last): 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 811, in compute_statistics 
    for result in pool.map(process_impute2_site, sites_to_process): 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 260, in map 
    return self._map_async(func, iterable, mapstar, chunksize).get() 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 608, in get 
    raise self._value 
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize' 

[2017-05-31 14:18:53 ERROR] __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize' 
multiprocessing.pool.RemoteTraceback: 
""" 
Traceback (most recent call last): 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 119, in worker 
    result = (True, func(*args, **kwds)) 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 44, in mapstar 
    return list(map(*args)) 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 965, in process_impute2_site 
    use_ml=site_info.use_ml, 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 1048, in fit_cox 
    cf = CoxPHFitter(alpha=0.95, tie_method="Efron", normalize=False) 
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize' 
""" 

The above exception was the direct cause of the following exception: 

Traceback (most recent call last): 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/bin/imputed-stats", line 11, in <module> 
    sys.exit(main()) 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 161, in main 
    options=args, 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 811, in compute_statistics 
    for result in pool.map(process_impute2_site, sites_to_process): 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 260, in map 
    return self._map_async(func, iterable, mapstar, chunksize).get() 
    File "https://stackoverflow.com/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 608, in get 
    raise self._value 
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize' 

Answer 1

der lifeline changelog urteilen dieses Schlüsselwort Argument wurde von dieser speziellen Funktion entfernt. Lifeline ist ein Paket, das diese spezielle Funktion enthält und used by genipe ist.

Sie können entweder die vorherige Version der Lebenslinie selbst installieren und sehen, ob das hilft oder auf Aktualisierungen in der Genipe-Bibliothek wartet.

Blick auf weitere Fehler von Ihren Kommentaren scheint es this is problematic code. Sie versuchen, dmatrices zu verwenden, aber es scheint, als ob es nicht definiert ist. Wahrscheinlich, weil erwähnt try/catch Block konnte nicht statsmodel installiert und daher patsy wurde nicht entweder gefunden.

Versuchen paar Pakete manuell zu installieren, mit

• statsmodel
• patsy

und sehen, ob Sie Fehler beginnen dann ...

Antwort

Answer 2

See errata des bekommen oben verwendete ich die falschen Versionen einiger Abhängigkeiten, aber selbst damit gab mir das Programm immer noch Fehler. Als ich jedoch zu Python 3.4 zurückkehrte, funktionierte das Programm.