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R Programm zum Lokalisieren eines Musters in einer Sequenz

2016-07-09 6 views
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Ich habe einen Zweifel in R, ich verwendete str_locate_all (Seq, Muster) -Syntax, um verschiedene Muster in der Sequenz zu finden. Nun möchte ich jedes Muster zählen kann mir jemand helfen, wie man jede Musterwiederholung in einer Sequenz zählt?R Programm zum Lokalisieren eines Musters in einer Sequenz

Quelle

2016-07-09 shrinirajesh

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Es wäre hilfreich kann zu zählen, wenn Sie ein Beispiel zur Verfügung gestellt, was Sie wollen erreichen und die gewünschte Leistung. –

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für zB: seq = "AATTGGCATGCATGC" pattern = "ATGC, CATG" str_locate_all (seq, pattern) das Ergebnis sind Orte 8,11 9,12 12,15 13,16 Ich könnte dies tun und die Ausgabe bekommen, jetzt möchte ich die Wiederholungen so zählen, dass die Antwort 2, 2 dh 2 ATGC und 2 CATG ist – shrinirajesh

Antwort

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Verwenden Sie einfach sapply die Anzahl der rows vom Ausgang des str_locate_all

s <- "AATTGGCCATGCATGC" 
patterN <- c("ATGC", "CATG") 

library(stringr) 
setNames(sapply(str_locate_all(s, patterN), nrow), patterN) 

ATGC CATG 
    2 2

Oder Sie verwenden str_count

setNames(str_count(s, patterN), patterN)

Quelle

2016-07-09 17:34:27 Sumedh

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