Importieren Sie Daten in R mit einer unbekannten Anzahl von Spalten?

Question

Ich versuche, eine Textdatei mit unterschiedlichen Zeilenlängen zu lesen:

1 
1 2 
1 2 3 
1 2 3 4 
1 2 3 4 5 
1 2 3 4 5 6 
1 2 3 4 5 6 7 
1 2 3 4 5 6 7 8 

Um dieses Problem zu überwinden, ich bin mit dem Argument fill = TRUE in read.table, so:

data<-read.table("test",sep="\t",fill=TRUE) 

Leider die maximale Zeilenlänge zu beurteilen, liest read.table nur die ersten fünf Zeilen der Datei und erzeugt ein Objekt wie folgt aussehen:

data 
    V1 V2 V3 V4 V5 
1 1 NA NA NA NA 
2 1 2 NA NA NA 
3 1 2 3 NA NA 
4 1 2 3 4 NA 
5 1 2 3 4 5 
6 1 2 3 4 5 
7 6 NA NA NA NA 
8 1 2 3 4 5 
9 6 7 NA NA NA 
10 1 2 3 4 5 
11 6 7 8 NA NA 

gibt es aw Sie können read.table zwingen, über die gesamte Datei zu blättern, um die maximale Zeilenlänge zu ermitteln. Ich weiß, eine mögliche Lösung die Spaltennummer zur Verfügung zu stellen wäre, wie:

data<-read.table("test",sep="\t",fill=TRUE,col.names=c(1:8)) 

Aber da ich eine Menge von Dateien habe, wollte ich diese Jeden Vorschlag innerhalb R. automatisch beurteilen? :-)

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EDIT: die Original-Datei enthält keine progressiven Zahlen, so ist dies keine Lösung:

data1<-read.table("test",sep="\t",fill=TRUE) 
data2<-read.table("test",sep="\t",fill=TRUE,col.names=c(1:max(data1)) 

Answer 1

Es gibt nette Funktion count.fields (siehe Hilfe), die Anzahl der Spalten zählt pro Zeile:

count.fields("test", sep = "\t") 
#[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 

Also, Ihre zweite Lösung mit:

no_col <- max(count.fields("test", sep = "\t")) 
data <- read.table("test",sep="\t",fill=TRUE,col.names=1:no_col) 
data 
# X1 X2 X3 X4 X5 X6 X7 X8 
# 1 1 NA NA NA NA NA NA NA 
# 2 1 2 NA NA NA NA NA NA 
# 3 1 2 3 NA NA NA NA NA 
# 4 1 2 3 4 NA NA NA NA 
# 5 1 2 3 4 5 NA NA NA 
# 6 1 2 3 4 5 6 NA NA 
# 7 1 2 3 4 5 6 7 NA 
# 8 1 2 3 4 5 6 7 8 

Answer 2

Mit count.fields ist auf jeden Fall den richtigen Ansatz dafür, aber nur der Vollständigkeit halber:

Eine weitere Option in all den Rohtext zu bringen ist und es innerhalb von R zu analysieren:

x <- readLines(textConnection(
"1\t 
1\t2 
1\t2\t3 
1\t2\t3\t4 
1\t2\t3\t4\t5 
1\t2\t3\t4\t5\t6")) 
x <- strsplit(x,"\t") 

zu kombinieren, um eine Liste von ungleiche Länge Vektoren, der einfachste Ansatz ist es, die rbind.fill Funktion von plyr zu verwenden:

library(plyr) 
# requires data.frames with column names 
x <- lapply(x,function(x) {x <- as.data.frame(t(x)); colnames(x)=1:length(x); return(x)}) 
do.call(rbind.fill,x) 
1 2 3 4 5 6 
1 1 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> 
2 1 2 <NA> <NA> <NA> <NA> 
3 1 2 3 <NA> <NA> <NA> 
4 1 2 3 4 <NA> <NA> 
5 1 2 3 4 5 <NA> 
6 1 2 3 4 5 6