R - Erstellen von Streudiagramm von Datenrahmen

Question

i einen Datenrahmen haben all, die wie folgt aussehen:

http://pastebin.com/Xc1HEYyH

Jetzt möchte ich ein Streudiagramm mit den Spaltenüberschriften in der x-Achse erzeugen und die jeweiligen Werte als die Datenpunkte. Zum Beispiel:

7|     x 
6|   x  x 
5| x  x  x  x  
4| x  x   x 
3|        x  x 
2|        x  x 
1| 
--------------------------------------- 
    STM STM STM PIC PIC PIC 
    cold normal hot cold normal hot 

Dies sollte einfach sein, aber ich kann nicht herausfinden, wie.

Grüße

Answer 1

Die Grundidee, wenn Sie ggplot2 mit Hadleys plotten möchten Ihre Daten in der Form zu erhalten:

 x   y 
col_names  values 

Und dies kann reshape2 unter Verwendung melt Funktion von Hadleys erfolgen. Machen Sie ?melt, um die möglichen Argumente zu sehen. Doch hier, da wir die ganze data.frame schmelzen wollen, brauchen wir nur,

melt(all) 
# this gives the data in format: 
# variable value 
# 1 STM_cold 6.0 
# 2 STM_cold 6.0 
# 3 STM_cold 5.9 
# 4 STM_cold 6.1 
# 5 STM_cold 5.5 
# 6 STM_cold 5.6 

Hier x wird dann Spalte variable und y wird value Spalte werden entsprechend.

require(ggplot2) 
require(reshape2) 
ggplot(data = melt(all), aes(x=variable, y=value)) + 
      geom_point(aes(colour=variable)) 

Wenn Sie nicht die Farben wollen, dann entfernen Sie einfach aes(colour=variable) innen geom_point, so dass es geom_point() wird.

Edit: ich wohl hier erwähnen sollte, dass Sie auch geom_point mit geom_jitter ersetzen könnte, dass Sie geben werde, na ja, jittered Punkte:

Answer 2

Hier sind zwei Optionen zu berücksichtigen. Die erste verwendet dotplot aus dem "Gitter" -Paket:

library(lattice) 
dotplot(values ~ ind, data = stack(all)) 

Die zweite benutzt dotchart von der Basis R "Grafiken" Optionen. Um die dotchart Funktion zu nutzen, müssen Sie Ihre data.frame in as.matrix wickeln:

dotchart(as.matrix(all), labels = "") 

Beachten Sie, dass die Punkte in dieser Grafik sind nicht „Jitterbasierten“, sondern stellte sie in der Reihenfolge aufgezeichnet wurden. Das heißt, der tiefste Punkt ist der erste Datensatz und der höchste Punkt ist der letzte Datensatz. Wenn Sie das Diagramm für dieses Beispiel vergrößern, sehen Sie, dass Sie 16 sehr schwache horizontale Linien haben. Jede Zeile repräsentiert eine Zeile aus jeder Spalte. Wenn Sie sich also die Punkte für "STM_cold" oder eine der anderen Variablen mit den Werten NA ansehen, sehen Sie oben einige leere Zeilen, in denen keine Daten verfügbar waren.

Dies hat seine Vorteile, da es einen zeitlichen Trend anzeigen kann, wenn die Werte chronologisch aufgezeichnet werden. Es kann aber auch ein Nachteil sein, wenn der Quelldatenrahmen zu viele Zeilen enthält.

Answer 3

Ein bisschen einer manuellen Version Grafik Basis R nur zum Spaß mit.

die Daten holen:

test <- read.table(text="STM_cold STM_normal STM_hot PIC_cold PIC_normal PIC_hot 
6.0 6.6 6.3 0.9 1.9 3.2 
6.0 6.6 6.5 1.0 2.0 3.2 
5.9 6.7 6.5 0.3 1.8 3.2 
6.1 6.8 6.6 0.2 1.8 3.8 
5.5 6.7 6.2 0.5 1.9 3.3 
5.6 6.5 6.5 0.2 1.9 3.5 
5.4 6.8 6.5 0.2 1.8 3.7 
5.3 6.5 6.2 0.2 2.0 3.5 
5.3 6.7 6.5 0.1 1.7 3.6 
5.7 6.7 6.5 0.3 1.7 3.6 
NA NA NA 0.1 1.8 3.8 
NA NA NA 0.2 2.1 4.1 
NA NA NA 0.2 1.8 3.3 
NA NA NA 0.8 1.7 3.5 
NA NA NA 1.7 1.6 4.0 
NA NA NA 0.1 1.7 3.7",header=TRUE) 

das Grundstück ein:

plot(
    NA, 
    ylim=c(0,max(test,na.rm=TRUE)+0.3), 
    xlim=c(1-0.1,ncol(test)+0.1), 
    xaxt="n", 
    ann=FALSE, 
    panel.first=grid() 
    ) 

axis(1,at=seq_along(test),labels=names(test),lwd=0,lwd.ticks=1) 

Plot einig Punkte, mit einiger x-Achse jitter ing so werden sie auf aufeinander nicht gedruckt.

invisible(
    mapply(
     points, 
     jitter(rep(seq_along(test),each=nrow(test))), 
     unlist(test), 
     col=rep(seq_along(test),each=nrow(test)), 
     pch=19 
     ) 
) 

Ergebnis:

bearbeitet

Hier ist ein Beispiel an den Punkten Alpha-Transparenz verwenden und die jitter loszuwerden, wie in den Kommentaren unten mit Ananda diskutiert.

invisible(
    mapply(
     points, 
     rep(seq_along(test),each=nrow(test)), 
     unlist(test), 
     col=rgb(0,0,0,0.1), 
     pch=15, 
     cex=3 
     ) 
)