Attraktive 3D-Plot in R

Question

Ich schreibe einen Vorschlag und brauchen einen 3D-Plot etwas wie folgt aus:

aber vorzugsweise attraktiver zu gestalten. Ich brauche die Größe jedes Punktes, um die Fülle der Arten zu reflektieren und einen Überblick über das Volumen, das durch die Verbindung der Punkte entsteht.

Beispieldaten:

input<-data.frame(
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"), 
trait_x=c(6,6,6,1), 
trait_y=c(7,7,7,1), 
trait_z=c(8,8,8,1), 
point_size=c(6,7,8,1) 
) 
input 
    label trait_x trait_y trait_z point_size 
1 sp1  6  7  8  6 
2 sp2  6  7  8  7 
3 sp3  6  7  8  8 
4 sp4  1  1  1  1 

Jeder Vorschlag, wie eine solche grafische Darstellung attraktiver zu machen (vielleicht einschließlich Rasterlinien Ich möchte keine Zahlen auf den Achsen jedoch?)

ich gespielt habe, um mit scatterplot3d, aber es funktioniert nicht plotten alle meine Punkte und ich persönlich finde, dass der Würfel einen seltsamen Blick zu ihm hat ... wie es nicht ganz richtig ist ...

library(scatterplot3d) 
x<-input$trait_x 
y<-input$trait_y 
z<-input$trait_z 
scatterplot3d(x,y,z,xlim=c(0,10),ylim=c(0,10),zlim=c(0,10)) 

Answer 1

Dies sollte Ihnen den Einstieg in das Paket rgl ermöglichen. Hinweis: Beim erneuten Lesen sehe ich, dass ich Ihre xyz-Koordinaten etwas anders benutze als Sie, aber das Konzept ist dasselbe.

input<-data.frame(# I adjusted the values for better appearance in demo 
label=c("sp1","sp2","sp3","sp4"), 
trait_x=c(6,7,11,1), 
trait_y=c(10,7,9,1), 
trait_z=c(4,7,6,1), 
point_size=c(6,7,8,1) 
) 
names(input) <- c("name", "x", "y", "z", "radius") 
input$radius <- input$radius*0.2 

require("rgl") 

spheres3d(input[,2:4], radius = input[,5], col = c("red", "green", "blue", "orange"), alpha = 0.5) 
axes3d(box = TRUE) 
title3d(xlab = "x_trait", ylab = "y_trait", zlab = "z_trait") 
text3d(input[1,2:4], texts = "species X") 
# next line is clunky but you can do it more elegantly 
segs <- rbind(input[1:2,2:4], input[2:3,2:4], input[3:4,2:4], input[c(4,1),2:4]) 
segments3d(segs) 

Jetzt können Sie Ihr Diagramm interaktiv drehen und dann rgl.snapshot verwenden, um eine Hardcopy zu bekommen (Anti-Aliasing-Argumente in spheres3d verwendet, wird das Diagramm verbessern).