R: Convert-Ausgabe in einen Datenrahmen umwandeln

Question

Ich führe gerade eine Mehrfachsequenz-Ausrichtung mit dem "msa" -Paket von Bioconductor durch. Ich verwende dies, um die Consensus-Sequenz (msaConsensusSequence) und den Conservation Score (msaConservationScore) zu berechnen. Dies gibt mir Ausgaben, die Werte sind ...

z.B.

ConsensusSequence: (. Kleinbuchstaben = 20% + Erhaltung, Groß = 80% + erhaltungs = < 20% Konservierung)

i.llE etc (str = chr) 

ConservationScore:

221 -296 579 71 423 etc (str = named num) 

Ich möchte diese in eine Tabelle konvertieren, in der die erste Zeile Spalten enthält, in denen jeweils ein anderer Buchstabe in der Consensus-Sequenz steht und die zweite Zeile der entsprechende Konservierungswert ist.

z.B.

i  .  l  l E 
221 -296 579 71 423 

Konnten Leute bitte beraten auf dem besten Weg, darüber zu gehen?

Dank Natalie

Answer 1

Für das, was Sie in den Kommentaren gesagt haben, können Sie einen Datenrahmen wie diese:

data(BLOSUM62) 
alignment <- msa(mySequences) 
conservation <- msaConservationScore(alignment, BLOSUM62) 

# Now create the data fram 
df <- data.frame(consensus = names(conservation), conservation = conservation) 
head(df) 

    consensus conservation 
1   T   141 
2   E   160 
3   E   165 
4   E   325 
5   ?   179 
6   ?   71 
7   T   216 
8   W   891 
9   ?   38 
10  T   405 
11  L   204 

Wenn Sie es vorziehen, es transponieren können Sie:

df <- t(df) 
colnames(df) <- 1:ncol(df)