Fehler in Breseq während des Laufens bowtie2

Question

Ich habe kürzlich versucht, breseq zu verwenden, um einige bakterielle Sequenzdaten zu analysieren. Allerdings bekam ich einen fatalen Fehler, wenn breseqbowtie2 verwendet, um die Rohdaten auf das Referenzgenom auszurichten.

Hier ist der kritische Teil des Fehlers, ich habe:
+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive. Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq (ERR): bowtie2-align exited with value 1 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Error running command: [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Result code: 256 FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

der Schritt vor dem All bowtie2 (samtools, Umwandlung fastq) läuft arbeitete normal. Laut dem Fehler war dies wegen der Funktion "score-min", die 0 als Mindestpunktzahl hat (--score-min L,0,0.9). Der Befehl für bowtie2 wurde einzeln ausgeführt, wenn ich die Funktion auf --score-min L,0.1,0.9 änderte (0 wird durch 0,1 ersetzt). Aber es sieht so aus, als wäre dieser Teil in breseq selbst kodiert (oder?).

Noch ein paar Details über mein Problem:
- Der Befehl breseq für den Betrieb war: breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
- Raw-Datentyp: MiSeq (150x2)
- bowtie2 's Version: 2.3.0
- breseq' s Version: 0.29.0
- Betriebssystem: Linux 16.04 LTS
- Die Tests haben auch einen ähnlichen Fehler.

Ist das ein Fehler oder habe ich ihn einfach falsch verwendet? Ich würde mich über Kommentare oder Empfehlungen freuen.

Answer 1

Das ist richtig. Dieser Fehler wird durch eine Änderung in der neuen bowtie2-Version (2.3.0) verursacht, die die Optionen verbietet, die breseq verwendet, um sie aufzurufen.

Die nächste Version von briseq wird ihre Optionen aktualisieren, um mit dem neuen bowtie2 kompatibel zu sein. Ich sollte das in ein oder zwei Wochen veröffentlichen. Dieser Code ist bereits in das GitHub-Repository eingecheckt, wenn Sie daraus bauen und bowtie 2.3.0 verwenden möchten. Oder Sie können die Version 2.2.9 von bowtie2 vorübergehend mit der aktuellen Version von breseq verwenden.