Befehlszeile compliation Fehler

Question

Rennen in einige Probleme mit einem Einzeiler ....

ls *.fq.gz | cut -f 1 -d . | uniq | perl -pe 'chomp; system "bwa-0.7.9a mem -M /refs/GATK_bundle_2.3//human_g1k_v37.fasta -R'@RG\tID:Foo\tSM:bar' $_.1.fq.gz $_.2.fq.gz > $_.sam"' 

Ausgang ist

[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
CLMP10920-1[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
CLMP10920-2[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
CLMP10920-3[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
CLMP10920-4W[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
COL1A110908-1[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
COL1A110908-2[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
COL1A110908-3[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG 
COL1A110908-4Wgleadalln@mgcl01:~/testing/analysis$ 

etwas zu lesen Geschehen um, aber eine Lösung für die Ausführung dieses Befehls zu finden kämpfen - Ich denke, es hat etwas mit dem verschachtelten 'in der -R Option des Befehls zu tun ... gibt es eine Möglichkeit, diesen zu entkommen?

Answer 1

Perl hat keine sysfunction. Meinst Du system?

Auch die Syntax Highlighter ist korrekt über Anführungszeichen. Das Zeichen Zitat in beendet die erste einzelne Zeichenfolge in Anführungszeichen, die nicht richtig scheint.