Got Nachricht nicht in der Lage gemeinsam genutztes Objekt stats.so zu laden, wenn R

Question

beginnt I R-3.0.2 aus dem Quellcode unter Linux kompiliert bin mit 64 und ich bekam die folgende Meldung, wenn R beginnt:

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
    unable to load shared object '/home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/library/stats/libs/stats.so': 
    libgfortran.so.3: cannot open the shared object file: No existe el archivo o el directorio 
Durante la inicialización - Mensajes de aviso perdidos 
package ‘stats’ in options("defaultPackages") was not found 

Hat jemand haben Sie eine Ahnung von der Ursache des Problems? Es ist selten, dass es besagt, dass die Datei oder das Verzeichnis nicht existiert, weil es tatsächlich existiert.

Mein Betriebssystem ist Kubuntu 13.10, vielleicht habe ich fehlende Bibliothek.

Answer 1

Irgendwie hat sich die Systemkonfiguration oder die laufende Umgebung zwischen dem Zeitpunkt, zu dem Sie R kompiliert haben, und dem Zeitpunkt, zu dem Sie es verwenden, geändert, insbesondere ist die libgfortran.so.3-Bibliothek nicht mehr erkennbar. Wahrscheinlich, wenn Sie

$ R CMD ldd /path/to/R_HOME/library/stats/libs/stats.so 

tun finden Sie eine Liste von erfolgreich entdeckt Link Abhängigkeiten erhalten

linux-vdso.so.1 => (0x00007fff213ff000) 
libRlapack.so => /path/to/R_HOME/lib/libRlapack.so (0x00007fcafa557000) 

und dann ein Fehler

libgfortran.so.3 => ??? 

dass libgfortran.so.3 anzeigt, nicht gefunden wird . Sie könnten gehen für sie suchen

locate libgfortran.so.3 

und dann herauszufinden, was Sie es zu R machen getan haben, um nicht zugänglich (vielleicht wäre ldconfig dein Freund sein). Aber libgfortran würde sich höchstwahrscheinlich an einem Standardspeicherort befinden. Sie haben es wahrscheinlich in einer anderen Operation entfernt und müssen es neu installieren oder R gegen den neuen Speicherort von libgfortran neu kompilieren.

Geben Sie den Speicherort von libgfortran mit dem Systembefehl ldconfig (sudo-Rechte erforderlich) oder der Umgebungsvariablen LD_LIBRARY_PATH an. Aber das sollte eigentlich nicht notwendig sein, libgfortan sollte mit Ihrem OS-Paket-Manager installiert worden sein und auf eine Art und Weise, die keine spezielle zusätzliche Konfiguration erfordert.

Answer 2

EDIT: Ich habe festgestellt, dass die fehlenden Bibliotheken in das Verzeichnis R/lib löst das Problem, vielen Dank für die Hilfe!

Wenn ich den ldd Befehl ausführen ich:

bin/R CMD ldd ./library/stats/libs/stats.so 
/home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2 

linux-vdso.so.1 => (0x00007fff47dfe000) 

libRlapack.so => /home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/lib/libRlapack.so (0x00007fb595bb0000) 

libRblas.so => /home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/lib/libRblas.so (0x00007fb595983000) 

libgfortran.so.3 => not found 

libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fb595665000) 

libR.so => /home/hlfernandez/Eclipse/workspace/Bioscope/R/linux/x64/R-3.0.2/lib/libR.so (0x00007fb5950c3000) 

libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007fb594eb4000) 

libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007fb594c97000) 

libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fb5948ce000) 

libgfortran.so.3 => not found 

libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007fb59468c000) 

librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007fb594483000) 

libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007fb59427f000) 

/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fb596205000) 

libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007fb594056000) 

Wie Sie gesagt haben, ein Fehler mit libgfortran.so.3 ist. Gibt es eine Möglichkeit, manuell anzugeben, wo sich die Datei libgfortran3.so befindet?