Python networkx: Kantenkontraktion

Question

Ich habe eine NetworkX Grafik. Ich würde gerne wissen, wie man edge contraction zwischen mehreren Knoten macht.

Zum Beispiel, wenn ich will, X, Y und Z zu kontrahieren:

  _ node A _ 
     _/ |  \_ 
node X --- node Y --- node Z 

würden

  node A 
      |  
      node XYZ (or whatever X/Y/Z) 

Graph Schöpfung ist nicht das Problem. Es klappt. Ich möchte den Graphen reduzieren, indem ich Knoten zusammenfasse, die die gleiche "Bedeutung" haben: Knoten, die ich "end lvl" nenne (Länge des Knotennamens ist gleich 7) und die miteinander verbunden sind.

ich die Kondensationsfunktion in NetworkX gefunden haben, so habe ich versucht, es zu benutzen:

# edge contraction for same nodes 
# for each node, get the links to other nodes "end lvl" 
# if there is such a link, it means that these node are 
# the sames 
# 
# copy graph 
I = G 
for n,d in G.nodes(data=True): 
    if n in I.nodes(): 
     if len(n) == 7: 
      # list of nodes adjacent to n : filter only "end lvl" nodes 
      neighbors = [ node for node in I.neighbors(n) if len(node) == 7 ] 
      nodes_to_merges = neighbors.append(n) 
      I = nx.condensation(I,scc=nodes_to_merges) 

Das, was ich bekam, als ich zu JSON konvertieren ist:

{"directed": true, "graph": [], "nodes": [{"id": 0}], "links": [], "multigraph": false} 

Es gibt ein Problem, wie Sie kann sehen ...

Referenz auf Funktionen sind here.

Answer 1

Wie sei:

add_node(XYZ) 
add_edge(XYZ, A) 
for edge incident on (X, Y, Z): 
    v = nodes in edge not in (X, Y, Z, A) 
    if v: 
     remove_edge(edge) 
     add_edge(v, XYZ) 
for node in (X, Y, Z): 
    remove_node(node) 

Answer 2

Anstatt zu versuchen, nx.condensation zu verwenden (die für den Vertrag stark verbundene Bauteile gemeint ist, nicht Gruppen von Knoten im Allgemeinen) verwenden, um diese Funktionen:

http://networkx.readthedocs.io/en/stable/reference/classes.graph.html#adding-and-removing-nodes-and-edges

, um alle bis auf einen der kollabierten Knoten zu entfernen und ihre Knoten neu zu verkabeln.