Wie man greppel überlappende Punkte mit xlim oder ylim stoppt

Ich kämpfe wirklich mit dem, was wahrscheinlich ein sehr einfaches Stück Graphik ist.Wie man greppel überlappende Punkte mit xlim oder ylim stoppt

mit dem folgenden Code in R für meinen Vulkan Grundstück:

> vol+geom_label_repel(data = subset(data, color=="Increased"), aes(label=gene))

ich folgendes Bild:

Allerdings, wenn ich versuche, um die Etiketten zu den oberen rechten Quadranten zu begrenzen Verwendung Xlim:

vol+geom_label_repel(data = subset(data, color=="Increased"), aes(label=gene), xlim = c())

es spielt keine Rolle, was Xlim oder ylim Werte I-Eingang, noch wo im Code geht es, ich die folgende Fehlermeldung erhalten:

Warning: Ignoring unknown parameters: xlim

Kann jemand empfehlen, wie ich ggrepel bekommen kann die Etiketten nicht überlappt die Punkte in den oberen rechten Quadranten zu setzen? Hier

sessionInfo() 
R version 3.4.1 (2017-06-30) 
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit) 
Running under: macOS High Sierra 10.13.1 

Matrix products: default 
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib 
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib 

locale: 
[1] en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8/C/en_GB.UTF-8/en_GB.UTF-8 

attached base packages: 
[1] parallel stats4 stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] bindrcpp_0.2    readr_1.1.1    DESeq2_1.16.1    SummarizedExperiment_1.6.3 
[5] DelayedArray_0.2.7   matrixStats_0.52.2   Biobase_2.36.2    GenomicRanges_1.28.5  
[9] GenomeInfoDb_1.12.2  IRanges_2.10.3    S4Vectors_0.14.4   BiocGenerics_0.22.0  
[13] ggrepel_0.6.5    dplyr_0.7.3    ggplot2_2.2.1    

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] httr_1.3.1    tidyr_0.7.1    viridisLite_0.2.0  bit64_0.9-7    
[5] jsonlite_1.5   splines_3.4.1   Formula_1.2-2   assertthat_0.2.0  
[9] latticeExtra_0.6-28  blob_1.1.0    cellranger_1.1.0  GenomeInfoDbData_0.99.0 
[13] RSQLite_2.0    backports_1.1.0   lattice_0.20-35   glue_1.1.1    
[17] digest_0.6.12   RColorBrewer_1.1-2  XVector_0.16.0   checkmate_1.8.3   
[21] colorspace_1.3-2  htmltools_0.3.6   Matrix_1.2-11   plyr_1.8.4    
[25] XML_3.98-1.9   pkgconfig_2.0.1   genefilter_1.58.1  zlibbioc_1.22.0   
[29] purrr_0.2.3    xtable_1.8-2   scales_0.5.0   BiocParallel_1.10.1  
[33] htmlTable_1.9   tibble_1.3.4   annotate_1.54.0   nnet_7.3-12    
[37] lazyeval_0.2.0   readxl_1.0.0   survival_2.41-3   magrittr_1.5   
[41] memoise_1.1.0   foreign_0.8-69   tools_3.4.1    data.table_1.10.4  
[45] hms_0.3     stringr_1.2.0   plotly_4.7.1   munsell_0.4.3   
[49] locfit_1.5-9.1   cluster_2.0.6   AnnotationDbi_1.38.2 compiler_3.4.1   
[53] rlang_0.1.2    grid_3.4.1    RCurl_1.95-4.8   htmlwidgets_0.9   
[57] labeling_0.3   bitops_1.0-6   base64enc_0.1-3   gtable_0.2.0   
[61] DBI_0.7     R6_2.2.2    gridExtra_2.3   knitr_1.17    
[65] bit_1.1-12    bindr_0.1    Hmisc_4.0-3    stringi_1.1.5   
[69] Rcpp_0.12.12   geneplotter_1.54.0  rpart_4.1-11   acepack_1.4.1

Quelle

2017-11-09 reubenmcg

ist ein Beispiel für die Verwendung von xlim und ylim in geom_label_repel:

library(ggplot2) 
library(ggrepel) 
set.seed(1) 
iris2 <- iris[sample(1:nrow(iris), 20),] 
ggplot(iris2, aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width)) + 
geom_point() + 
geom_label_repel(aes(label=Species), xlim=c(6,8), ylim=c(3.2,4))

Quelle

2017-11-09 22:36:48

Nur eine Notiz, und ich habe gesehen mit meinen Daten und auch versucht, die Etiketten In diesem Bereich überschneiden Sie sich jetzt, was ärgerlich ist, denn das ist der Punkt von ggrepel. Auch die Labels in meinem Beispiel oben, überlappen die Poimts, die ich wieder dachte, war der Punkt von ggrepel, um Punkte oder Etiketten nicht zu überlappen? – reubenmcg

Ich habe keine umfangreichen Tests mit dieser Art von Handlung durchgeführt. Es gibt eine Federkraft, die das Textlabel in Richtung seines Datenpunkts zieht. Ich vermute, dass die Kraft zu stark wird, wenn man die Etiketten so weit von ihren Punkten entfernt. Vielleicht muss ich Federkraft als Parameter für Benutzer verfügbar machen, die es schwächen wollen. –

@Marco, gibt es ein Update auf Federkraft Argument? Ich würde gerne in der Lage sein, die geom_label_repel in ein bestimmtes Segment meines Graphen zu setzen und sie nicht in diesem Segment überlappen zu lassen – reubenmcg

Wie man greppel überlappende Punkte mit xlim oder ylim stoppt

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