bearbeiten betadisper permutest Grundstück

Question

ich das Skript unten verwendet haben dieses betadisper Grundstück zwischen zwei Gemeinden zu erzeugen.

In meinem "df", der erste Spalt Sendernamen (x13)

Ich habe 2 Fragen:

1. Es gibt einen Punkt hinter dem "ABC" Etikett, so wie kann ich machen das Etikett transparent? Vorzugsweise fügen Sie jeder Gemeinschaft verschiedene Farben hinzu?
2. Wie füge ich die Stationsnamen neben jedem Punkt hinzu, damit ich visuell vergleichen kann, welche Stationen am ähnlichsten sind?

Script:

df <-read.csv("NMDS matrix_csv_NEW.csv", header=T, row.names=1, sep= ",") 
df 
Label<-rownames(df) 
Label 
dis <- vegdist(df) 
groups <- factor(c(rep(1,8), rep(2,5)), labels = c("ABC","DEF")) 
groups 
mod <- betadisper(dis, groups) 
mod 
anova(mod) 
permutest(mod, pairwise = TRUE) 
plot(mod) 
plot(mod, ellipse = TRUE, hull = FALSE, main= "MultiVariate Permutation") 

Answer 1

Hier ist eine possibile Lösung für Ihr Problem.

Laden Sie die myplotbetadisp.r Datei von diesem link herunter und legen Sie die Datei in das Arbeitsverzeichnis (Warnung, speichern Sie die Datei nicht als myplotbetadisp.r.txt!).

Einige zusätzliche Optionen sind verfügbar in myplotbetadisper Funktion:
fillrect, Füllfarbe der Box, wo Schwerpunkt Etiketten gedruckt werden;
coltextrect, Farbvektor für Schwerpunktlabels;
alphaPoints, Alpha-Transparenz für Schwerpunktpunkte;
labpoints, Vektoren von Etiketten, die nahe bei Punkten aufgetragen sind;
poslabPoints, Positionsangabe für den Text in labpoints.

library(vegan) 
# A dummy data generation process 
set.seed(1) 
n <- 100 
df <- matrix(runif(13*n),nrow=13) 

# Compute dissimilarity indices 
dis <- vegdist(df) 
groups <- factor(c(rep(1,8), rep(2,5)), labels = c("ABC","DEF")) 

# Analysis of multivariate homogeneity of group dispersions 
mod <- betadisper(dis, groups) 

source("myplotbetadisp.r") 
labPts <- LETTERS[1:13] 
col.fill.rect <- addAlpha(col2rgb("gray65"), alpha=0.5) 
col.text.rect <- apply(col2rgb(c("blue","darkgreen")), 2, addAlpha, alpha=0.5) 
transp.centroids <- 0.7 

myplotbetadisper(mod, ellipse = TRUE, hull = FALSE, 
    fillrect=col.fill.rect, coltextrect=col.text.rect, 
    alphaPoints=transp.centroids, labPoints=labPts, 
    main= "MultiVariate Permutation") 

Hier ist die Handlung

es Hoffnung kann Ihnen helfen.