conda - Wie installiert man R-Pakete, die in "R-essentials" nicht verfügbar sind?

Question

Ich benutze eine Out-of-the-Box-Installation von Anaconda, um mit Python zu arbeiten. Jetzt habe ich gelesen, dass es möglich ist, auch die R-Welt in diese Installation einzubinden und den IR-Kernel innerhalb des Jupyter/Ipython-Notebooks zu verwenden.

fand ich den Befehl, um eine Reihe von bekannten R-Pakete zu installieren: Conda installieren -cr r-essentials

Frage Mein Anfänger:

Wie kann ich R-Pakete installieren, die nicht in der enthalten sind R-wesentlich Paket? Zum Beispiel R-Pakete, die auf CRAN verfügbar sind. "pip" funktioniert nur für PyPI Python-Pakete, oder?

Answer 1

Jetzt habe ich die Dokumentation:

Dies ist die Dokumentation, die erklärt, wie R-Pakete zu erzeugen, die nur in der CRAN-Repository sind: https://www.continuum.io/content/conda-data-science

Gehen Sie zum Abschnitt „Building a Conda R Paket ".

(Hinweis: Solange das R-Paket unter anaconda.org verfügbar ist diese Ressource nutzen hier. Siehe: https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r)

alistaire 's Antwort ist eine weitere Möglichkeit, R-Pakete hinzuzufügen:

Wenn Sie Pakete von innerhalb von R über die regulären install.packages (von CRAN-Spiegeln) oder devtools :: install_github (von GitHub) installieren, funktionieren sie einwandfrei. @alistaire

Wie dies tun: öffnen Sie (unabhängig) R Installation, dann den folgenden Städte Befehl ausführen:

install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library") 

neues Paket an der richtigen R-Bibliothek von Jupyter verwendet hinzuzufügen, da sonst der Das Paket wird in /home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs installiert, das in .libPaths() erwähnt wird.

Answer 2

Für weitere R-Pakete auf Jupyter über R-essentials

install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org') 

Ein Problem ist zu installieren, dass die spezifische Repository die US.R-Project ist (wie unten). Ich habe andere ausprobiert und es hat nicht funktioniert.

N.B. Ersetzen Sie readr durch einen beliebigen zu installierenden Paketnamen.

Answer 3

Ich hatte ein Problem beim Versuch, Paket von Github mit install_github("user/package") in Conda mit R-essentials zu installieren. Fehler waren mehrfach und nicht beschreibend.

konnte ein Problem mit diesen Schritten beheben:

• herunterladen und das Paket lokal
• korrekte Conda Umgebung zu aktivieren (falls erforderlich)
• Lauf R von der Kommandozeile
• library(devtools)
entpacken
• install('/path/to/unzipped-package')
• Befehl fehlgeschlagen wegen Abhängigkeiten fehlt, aber n Ich weiß, was fehlt!
• Lauf install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org') für alle Abhängigkeiten
• Lauf install('/path/to/unzipped-package') wieder. Jetzt sollte es funktionieren!

Answer 4

fand ich eine einfache Abhilfe. Ich nehme an, dass Sie eine RStudio-IDE für Sie R haben. Es ist komisch, RStudio dafür zu verwenden, aber ich versuchte direkt von R in meinem Terminal und es hat nicht funktioniert. Also, in RStudio Konsole tun nur die üblichen den Pfad zu Ihrem anaconda Verzeichnis hinzugefügt (in OSX '/ Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/Bibliothek')

So zum Beispiel

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library') 

ich schäme mich, eine solche nicht-Phantasie Antwort zu schreiben, aber das ist der einzige, der für mich gearbeitet.

Answer 5

ich versuchte, R-Pakete ggplot2, tidyverse, etc. unter Verwendung von Standard-Befehlszeile CRAN-Repositories und lief in mehr Fragen und Probleme zu installieren.

Alles aus unbrauchbar „init.tcl“ Dateien auf eine Reihe von fünfzehn Zeichenfehler. Ich war in der Lage, die Conda-Installation und WWW.Anaconda.org Website für Details zu verwenden. Diese installierte R-Pakete innerhalb der Anaconda-Verzeichnisarchitektur, die in R in Terminal-, RStudio- und R-Umgebung in Jupyter-Notebooks des Anaconda-Navigators ausführbar waren.

zum Beispiel: conda install -c r r-tidyverse Sehr einfach und funktionierte das erste Mal.
[Auf Kubuntu 17.04 mit Anaconda Navigator 1.6.2; R Version 3.3.2 (2016-10-31)]

Answer 6

Jemand schlug eine nicht so elegante Art vor, aber was ist elegant, solange es funktioniert.

install.packages ('Paket', '/ Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/Bibliothek')

Ich verbrachte fast einen ganzen Vormittag für dieses Problem eine Antwort suchen. Ich war in der Lage, die Bibliotheken auf RStudio zu installieren, aber nicht auf Jupyter Notebook (sie haben verschiedene Versionen von R) Die obige Lösung „fast“ gearbeitet, es ist nur, dass ich die Jupyter Notebook gefunden in einem anderen Verzeichnis zu installieren versucht, und es wird Bericht welches Verzeichnis. Also änderte ich nur das und es funktionierte als ein Charme ... dank Dninhos

Answer 7

Installieren Sie rpy2 mit Conda und fügen Sie folgende Zeile in Ihrem Jupyter Notebook.

%load_ext rpy2.ipython 

In nächsten Stücken, können Sie einfach durch die Angabe% R

Unten ist meine Lieblingsmethode zu installieren und/oder Last r Paket

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman") 
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4) 

p_load Argument wird jeden r Code ausführen installiere + lade das Paket , wenn es nicht in deiner lib ist sonst wird es es einfach laden.

Answer 8

Hier ist eine Conda-zentrische Antwort. Es baut auf Franks Antwort und der Kontinuumswebsite auf: https://www.continuum.io/content/conda-data-science mit ein bisschen mehr Detail.

Einige Pakete nicht in r-Essentials sind auf Conda Kanäle noch verfügbar, in diesem Fall ist es einfach:

conda config --add channels r 
conda install r-readxl 

Wenn Sie ein Paket bauen und installieren müssen mit Conda:

conda skeleton cran r-xgboost 
conda build r-xgboost 
conda install --use-local r-xgboost 

Diese letzte Zeile fehlt in der Kontinuumswebsite, weil sie davon ausgeht, dass sie zuerst in Anaconda Repository veröffentlicht wird. Ohne es wird nichts in das envs/-Verzeichnis gestellt und das Paket wird für die Kommandozeile R oder Jupyter nicht zugänglich sein.

auf einem Mac, fand ich es wichtig, die Clang-Compiler installieren für Paket baut:

conda install clangxx_oxs-64