Parameter initialisieren Gaußsche Mischung in Python mit sklearn

Question

Ich versuche wirklich sehr, eine gaußsche Mischung mit sklearn zu machen, aber ich denke, dass ich etwas vermisse, weil es definitiv nicht funktioniert.

Meine ursprüngliche Daten wie folgt aussehen:

Genotype LogRatio Strength 
AB  0.392805 10.625016 
AA  1.922468 10.765716 
AB  0.22074 10.405445 
BB  -0.059783 10.625016 

ich ein Gaussian Mixture mit 3 Komponenten = 3 Genotypen tun wollen (AA | AB | BB). Ich kenne das Gewicht jedes Genotyps, den Mittelwert des Log-Verhältnisses für jeden Genotyp und den Mittelwert der Stärke für jeden Genotyp.

wgts = [0.8,0.19,0.01] # weight of AA,AB,BB 
means = [[-0.5,9],[0.5,9],[1.5,9]] # mean(LogRatio), mean(Strenght) for AA,AB,BB 

Ich halte Spalten LogRatio und Stärke und erstellen ein NumPy-Array.

datas = [[ 0.392805 10.625016] 
     [ 1.922468 10.765716] 
     [ 0.22074 10.405445] 
     [ -0.059783 9.798655]] 

Dann testete ich die Funktion GaussianMixture aus Mischung aus sklearn V0.18 und versuchte, auch die Funktion GaussianMixtureModel von sklearn v0.17 (ich immer noch nicht den Unterschied sehen und nicht wissen, welche zu benutzen) .

gmm = mixture.GMM(n_components=3) 
OR 
gmm = mixture.GaussianMixture(n_components=3) 

gmm.fit(datas) 

colors = ['r' if i==0 else 'b' if i==1 else 'g' for i in gmm.predict(datas)] 
ax = plt.gca() 
ax.scatter(datas[:,0], datas[:,1], c=colors, alpha=0.8) 
plt.show() 

Dies ist, was ich bekommen, und das ist ein gutes Ergebnis, aber es ändert sich jedes Mal, weil Anfangsparameter unterschiedlich jeder

laufen berechnet

Results of clusterization

Ich möchte meine Parameter in der gaussianMixture initialisieren oder GMM-Funktion, aber ich verstehe nicht, wie ich meine Daten formatieren muss: (

Answer 1

Es ist möglich, die Zufälligkeit für die Reproduzierbarkeit der Ergebnisse zu steuern, indem Sie dieexplizit impfenPseudozufallszahlengenerator.

Statt:

gmm = mixture.GaussianMixture(n_components=3) 

Do:

gmm = mixture.GaussianMixture(n_components=3, random_state=3) 

random_state muss ein int sein: Ich zufällig es 3 gesetzt haben, aber Sie können eine beliebige andere ganze Zahl wählen.

Wenn Sie mehrere Male mit demselben random_state laufen, erhalten Sie die gleichen Ergebnisse.