R kann devtools oder git2r wegen fehlendem zlib nicht installieren unter macOS 10.12.3 und 10.12.5

Question

Ich versuche zwei Pakete in R (3.3.2) zu installieren: devtools und git2r. Sie sind abhängig von der Existenz zlib. Dies kommt mit macOS Sierra (10.12.3) und der Version 1.2.8 standardmäßig. Wenn ich versuche, diese Pakete zu installieren, erhalte ich den Fehler unten.

Ich habe eine Menge Dinge versucht.

direkt über CRAN in RStudio installieren: keine Wirkung.

versuchen, zlib auf macOS zu finden: kann zlib nicht finden.

Installation über R CMD INSTALL git2r: keine Wirkung.

Ich bemerke jemand hat ein ähnliches Problem auf GitHub: https://github.com/ropensci/git2r/issues. Es gibt noch keine Lösung.

Hat jemand hier eine Idee?

Danke!

Sander

ERROR Meldung unten

configure error in "/private/tmp/RtmpP6HZFx/R.INSTALLe73412909267/git2r"

configure error

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The zlib library that is required to build git2r was not found.

Please install:

zlib1g-dev (package on e.g. Debian and Ubuntu)

zlib-devel (package on e.g. Fedora, CentOS and RHEL)

and try again.

If the zlib library is installed on your system but the git2r configuration is unable to find it, you can specify the include and lib path to zlib with:

"R CMD INSTALL --configure-args='--with-zlib-include=INCLUDE_PATH --with-zlib-lib=LIB_PATH' git2r"

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See "config.log" for more details

ERROR: configuration failed for package "git2r"

*removing "/usr/local/lib/R/3.3/site-library/git2r"

UPDATE: das gleiche Problem weiterhin besteht auf MacOS X 10.12.5 in Kombination mit R 3.4.0 - letztere ich für DESeq2 benötigen.

Answer 1

Lösung ... Mmm. Nicht wirklich. Ich habe R und alle Pakete einfach deinstalliert und dann alles neu installiert. Ich installierte R und RStudio über homebrew, folgen Sie den Anweisungen hier: https://rud.is/b/2015/10/22/installing-r-on-os-x-100-homebrew-edition/.

Seltsamerweise: alle Probleme verschwunden.

UPDATE # 1: Diese Lösung funktioniert nicht - offensichtlich - für die Kombination R 3.4.0 und macOS X 10.12.5. Wir brauchen eine Lösung für dieses Problem.

UPDATE # 2: Ich habe entdeckt, was ich glaube, war das Problem: ein falscher Pfad zu den Xcode-Befehlszeilen-Tools. sudo xcode-select --reset hat den Trick gemacht und jetzt xcode-select -p verweist auf/Library/Developer/CommandLineTools. Und welcher xcode-select zeigt auf/usr/bin/xcode-select. Googeln Ich habe festgestellt, dass es nicht notwendig ist, Xcode über den App Store zu installieren, wie es unter http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html heißt: "Bei früheren Versionen von MacOS war es schwieriger Xcode Command Line Tools zu installieren. Es erforderte einen riesigen Download des gesamten Xcode-Pakets den Mac App Store oder die Registrierung als Apple-Entwickler für ein kleineres Paket von Befehlszeilen-Tools. Mac OS X Mavericks haben die Installation von Xcode Command Line Tools erheblich vereinfacht. ".