Wie zwei Spalten aus zwei verschiedenen Dateien zu vergleichen, und fügen Sie Spalten aus Datei2 zu Datei1 für mehrere aufeinander folgende Spalten

Relativ neu zu Codierung und Verwendung von Awk, so entschuldige ich mich, wenn dies eine dumme Frage ist! Ich muss $ 3 in Datei 1 bis $ 3 in Datei 2 vergleichen, und wenn sie übereinstimmen, die Zeile aus Datei 1 mit dem entsprechenden Zeileneintrag von $ 10 in Datei 2 zu drucken. Ich habe einen Befehl, der dies tut,Wie zwei Spalten aus zwei verschiedenen Dateien zu vergleichen, und fügen Sie Spalten aus Datei2 zu Datei1 für mehrere aufeinander folgende Spalten

awk 'NR==FNR{a[$3]=$10; next} a[$3] {print $0 "\t" a[$3]}' file2 file1

Allerdings hat Datei2 Spalten $ 10- $ 647, und ich muss das oben für alle 637 Spalten tun. Gibt es eine Möglichkeit, dies zu wiederholen?

Beispieldatei 1:

1 715348 rs3131984 T G 100 PASS AC=5008;AF=1;AN=5008;NS=2504;DP=16986;EAS_AF=1;AMR_AF=1;AFR_AF=1;EUR_AF=1;SAS_AF=1;AA=.|||;VT=SNP GT 1|1 1|1 1|1 
1 723798 rs34882115 CAG C 100 PASS AC=4012;AF=0.801118;AN=5008;NS=2504;DP=24752;EAS_AF=0.7946;AMR_AF=0.8775;AFR_AF=0.5416;EUR_AF=0.9602;SAS_AF=0.9407;VT=INDEL GT 1|1 1|1 1|1 
1 723891 rs2977670 G C 100 PASS AC=3906;AF=0.779952;AN=5008;NS=2504;DP=22718;EAS_AF=0.7917;AMR_AF=0.8689;AFR_AF=0.4849;EUR_AF=0.9483;SAS_AF=0.9305;AA=.|||;VT=SNP GT 1|1 1|1 1|1 
1 729679 rs4951859 C G 100 PASS AC=3205;AF=0.639976;AN=5008;NS=2504;DP=18762;EAS_AF=0.6875;AMR_AF=0.7536;AFR_AF=0.2905;EUR_AF=0.841;SAS_AF=0.7761;AA=.|||;VT=SNP GT 1|0 1|1 1|0 
1 752566 rs3094315 G A 100 PASS AC=3597;AF=0.718251;AN=5008;NS=2504;DP=21293;EAS_AF=0.8839;AMR_AF=0.804;AFR_AF=0.3873;EUR_AF=0.84;SAS_AF=0.8088;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
1 752721 rs3131972 A G 100 PASS AC=3272;AF=0.653355;AN=5008;NS=2504;DP=22729;EAS_AF=0.7659;AMR_AF=0.7363;AFR_AF=0.2905;EUR_AF=0.839;SAS_AF=0.7781;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
1 754182 rs3131969 A G 100 PASS AC=3398;AF=0.678514;AN=5008;NS=2504;DP=16315;EAS_AF=0.7331;AMR_AF=0.7565;AFR_AF=0.3525;EUR_AF=0.8718;SAS_AF=0.8088;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
1 754192 rs3131968 A G 100 PASS AC=3398;AF=0.678514;AN=5008;NS=2504;DP=16981;EAS_AF=0.7331;AMR_AF=0.7565;AFR_AF=0.3525;EUR_AF=0.8718;SAS_AF=0.8088;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
1 754334 rs3131967 T C 100 PASS AC=3427;AF=0.684305;AN=5008;NS=2504;DP=21917;EAS_AF=0.7629;AMR_AF=0.755;AFR_AF=0.3525;EUR_AF=0.8718;SAS_AF=0.8088;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
1 754503 rs3115859 G A 100 PASS AC=3325;AF=0.663938;AN=5008;NS=2504;DP=19944;EAS_AF=0.7629;AMR_AF=0.7378;AFR_AF=0.3374;EUR_AF=0.839;SAS_AF=0.771;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
1 754964 rs3131966 C T 100 PASS AC=3322;AF=0.663339;AN=5008;NS=2504;DP=19476;EAS_AF=0.7629;AMR_AF=0.7378;AFR_AF=0.3366;EUR_AF=0.837;SAS_AF=0.771;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
1 755887 rs3131964 C G 100 PASS AC=4905;AF=0.979433;AN=5008;NS=2504;DP=22796;EAS_AF=1;AMR_AF=0.9914;AFR_AF=0.9304;EUR_AF=0.995;SAS_AF=1;AA=.|||;VT=SNP GT 1|1 1|1 1|1 
1 755890 rs3115858 A T 100 PASS AC=3763;AF=0.751398;AN=5008;NS=2504;DP=23185;EAS_AF=0.8839;AMR_AF=0.8242;AFR_AF=0.4539;EUR_AF=0.8728;SAS_AF=0.8405;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
1 756604 rs3131962 A G 100 PASS AC=3746;AF=0.748003;AN=5008;NS=2504;DP=28270;EAS_AF=0.8829;AMR_AF=0.8242;AFR_AF=0.4501;EUR_AF=0.8698;SAS_AF=0.8323;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1

Beispieldatei 2:

1 742429 rs3094315 A G . . . GT 0/0 0/0 
1 1011278 rs3737728 G A . . . GT 0/0 0/1 
1 1077546 rs9442380 C T . . . GT 0/0 0/0 
1 1084601 rs4970362 G A . . . GT 0/0 0/1 
1 1089205 rs9660710 C A . . . GT 0/0 0/0 
1 1300787 rs2765033 C T . . . GT 0/0 0/1 
1 756604 rs3131962 A G 100 PASS AC=3746;AF=0.748003;AN=5008;NS=2504;DP=28270;EAS_AF=0.8829;AMR_AF=0.8242;AFR_AF=0.4501;EUR_AF=0.8698;SAS_AF=0.8323;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 
1 1303878 rs2649588 T C . . . GT 0/0 0/1 
1 1695996 rs6603811 C T . . . GT 0/0 0/0 
1 1782971 rs10907192 G A . . . GT 0/0 0/0 
1 1878053 rs3820011 C A . . . GT 0/1 0/1 
1 1882185 rs2803291 C T . . . GT 0/0 0/0

Ist awk der beste Weg, dies zu tun? Ich bin mir nicht sicher, wie man Schleifen machen soll. Alle Hilfe und Erklärungen werden sehr geschätzt!

Quelle

2016-11-10 Hannah6746576

So können Sie 637 Zeilen für jede Zeile drucken möchten abgestimmt ?Eine für jedes Feld? – 123

Ich muss 637 Spalten basierend auf einer Zeilenübereinstimmung in Spalten über zwei Dateien drucken. – Hannah6746576

@ Hannah6746576 - haben Sie diese Antwort überprüft? http://stackoverflow.com/questions/40523371/how-to-compare-two-columns-from-two-different-files-and-add-columns-from-file2/40525133#40525133 –

ich tun würde:

$ column_file1=`awk '{print NF}' file1 | tail -1` 
$ paste file1 file2 | awk -v c1=column_file1 '{if($3==$(3+c1)){for(i=1;i<=647;i++)if(i<=c1 || i>c1+10){printf "%s ", $i}; printf "\n"}}'

paste kommen nur die zwei Dateien zeilen.

Die erste if in awk überprüfen, ob das dritte Feld der beiden Dateien übereinstimmen (bedenken Sie, dass jetzt das erste Feld der zweiten Datei nur $(1+c1) ist). Wenn die Bedingung wahr ist, geben Sie eine Schleife ein, die (in derselben Zeile - printf "%s ", $i -) das gesamte Feld druckt, wobei die ersten 10 der zweiten Datei vermieden werden (if(i<=c1 || i>c1+10)). Sobald die Schleife beendet ist (so dass Sie alle Zeilen gedruckt haben), gehen Sie zur neuen Zeile. Wenn die Dateien gut strukturiert sind (jedes Feld ist gleich breit), können Sie print $0 verwenden und die Ausgabe an colrm übergeben.

Wenn Sie prefere nur awk

Kopieren Sie die folgenden in eine Datei

#!/bin/awk -f 

{if(NR == FNR) 
    { 
     a[$3] = $10; 
     for(i=11;i<=647;i++){ 
      a[$3] = a[$3] "\t" $i 
     }; 
     next 
    } 
    else{ 
     if($3 in a){print $0 "\t" a[$3]} 
    } 
}

dann führen Sie es mit

$ awk -f <name_of_file> file2 file1

Sagen Sie mir zu verwenden, wenn Sie Probleme haben

EDIT:

Ich habe eine tail -1 im ersten Beispiel vergessen. Dies funktioniert mit den von Ihnen bereitgestellten Beispielen.

Quelle

2016-11-10 09:43:50

Sag mir einfach, wenn etwas nicht klar ist ... –

Sollten diese als zwei aufeinanderfolgende Befehle oder als ein "Skript" ausgeführt werden, sozusagen? Ich bekomme immer "Befehl nicht gefunden", und ich bin mir nicht sicher, ob dies daran liegt, dass ich es als einen Befehl ausführe ... – Hannah6746576

Verwenden Sie bash? Es könnte ein Tippfehler sein. Das sind zwei Befehle: der erste setzt die Anzahl der Spalten in der ersten Datei, der zweite den Join ... Die von Ihnen bereitgestellten Dateien sind echte Beispiele? –

-1

versuchen, diese -

File1.txt

#cat file1.txt 
    1 715348 rs3131984 T G 100 PASS AC=5008;AF=1;AN=5008;NS=2504;DP=16986;EAS_AF=1;AMR_AF=1;AFR_AF=1;EUR_AF=1;SAS_AF=1;AA=.|||;VT=SNP GT 1|1 1|1 1|1 
    1 723798 rs34882115 CAG C 100 PASS AC=4012;AF=0.801118;AN=5008;NS=2504;DP=24752;EAS_AF=0.7946;AMR_AF=0.8775;AFR_AF=0.5416;EUR_AF=0.9602;SAS_AF=0.9407;VT=INDEL GT 1|1 1|1 1|1 
    1 723891 rs2977670 G C 100 PASS AC=3906;AF=0.779952;AN=5008;NS=2504;DP=22718;EAS_AF=0.7917;AMR_AF=0.8689;AFR_AF=0.4849;EUR_AF=0.9483;SAS_AF=0.9305;AA=.|||;VT=SNP GT 1|1 1|1 1|1 
    1 729679 rs4951859 C G 100 PASS AC=3205;AF=0.639976;AN=5008;NS=2504;DP=18762;EAS_AF=0.6875;AMR_AF=0.7536;AFR_AF=0.2905;EUR_AF=0.841;SAS_AF=0.7761;AA=.|||;VT=SNP GT 1|0 1|1 1|0 
    1 752566 rs3094315 G A 100 PASS AC=3597;AF=0.718251;AN=5008;NS=2504;DP=21293;EAS_AF=0.8839;AMR_AF=0.804;AFR_AF=0.3873;EUR_AF=0.84;SAS_AF=0.8088;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
    1 752721 rs3131972 A G 100 PASS AC=3272;AF=0.653355;AN=5008;NS=2504;DP=22729;EAS_AF=0.7659;AMR_AF=0.7363;AFR_AF=0.2905;EUR_AF=0.839;SAS_AF=0.7781;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
    1 754182 rs3131969 A G 100 PASS AC=3398;AF=0.678514;AN=5008;NS=2504;DP=16315;EAS_AF=0.7331;AMR_AF=0.7565;AFR_AF=0.3525;EUR_AF=0.8718;SAS_AF=0.8088;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
    1 754192 rs3131968 A G 100 PASS AC=3398;AF=0.678514;AN=5008;NS=2504;DP=16981;EAS_AF=0.7331;AMR_AF=0.7565;AFR_AF=0.3525;EUR_AF=0.8718;SAS_AF=0.8088;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
    1 754334 rs3131967 T C 100 PASS AC=3427;AF=0.684305;AN=5008;NS=2504;DP=21917;EAS_AF=0.7629;AMR_AF=0.755;AFR_AF=0.3525;EUR_AF=0.8718;SAS_AF=0.8088;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
    1 754503 rs3115859 G A 100 PASS AC=3325;AF=0.663938;AN=5008;NS=2504;DP=19944;EAS_AF=0.7629;AMR_AF=0.7378;AFR_AF=0.3374;EUR_AF=0.839;SAS_AF=0.771;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
    1 754964 rs3131966 C T 100 PASS AC=3322;AF=0.663339;AN=5008;NS=2504;DP=19476;EAS_AF=0.7629;AMR_AF=0.7378;AFR_AF=0.3366;EUR_AF=0.837;SAS_AF=0.771;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
    1 755887 rs3131964 C G 100 PASS AC=4905;AF=0.979433;AN=5008;NS=2504;DP=22796;EAS_AF=1;AMR_AF=0.9914;AFR_AF=0.9304;EUR_AF=0.995;SAS_AF=1;AA=.|||;VT=SNP GT 1|1 1|1 1|1 
    1 755890 rs3115858 A T 100 PASS AC=3763;AF=0.751398;AN=5008;NS=2504;DP=23185;EAS_AF=0.8839;AMR_AF=0.8242;AFR_AF=0.4539;EUR_AF=0.8728;SAS_AF=0.8405;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 
    1 756604 rs3131962 A G 100 PASS AC=3746;AF=0.748003;AN=5008;NS=2504;DP=28270;EAS_AF=0.8829;AMR_AF=0.8242;AFR_AF=0.4501;EUR_AF=0.8698;SAS_AF=0.8323;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1

file2.txt

#cat file2.txt 
1 742429 rs3094315 A G . . . GT 0/0 0/0 
1 1011278 rs3737728 G A . . . GT 0/0 0/1 
1 1077546 rs9442380 C T . . . GT 0/0 0/0 
1 1084601 rs4970362 G A . . . GT 0/0 0/1 
1 1089205 rs9660710 C A . . . GT 0/0 0/0 
1 1300787 rs2765033 C T . . . GT 0/0 0/1 
1 756604 rs3131962 A G 100 PASS AC=3746;AF=0.748003;AN=5008;NS=2504;DP=28270;EAS_AF=0.8829;AMR_AF=0.8242;AFR_AF=0.4501;EUR_AF=0.8698;SAS_AF=0.8323;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 
1 1303878 rs2649588 T C . . . GT 0/0 0/1 
1 1695996 rs6603811 C T . . . GT 0/0 0/0 
1 1782971 rs10907192 G A . . . GT 0/0 0/0 
1 1878053 rs3820011 C A . . . GT 0/1 0/1 
1 1882185 rs2803291 C T . . . GT 0/0 0/0

Mitglied werden -

#awk 'NR==FNR {val[$3]=$10;next;} $3 in val {print $0,val[$3]}' file2.txt file1.txt 
1 752566 rs3094315 G A 100 PASS AC=3597;AF=0.718251;AN=5008;NS=2504;DP=21293;EAS_AF=0.8839;AMR_AF=0.804;AFR_AF=0.3873;EUR_AF=0.84;SAS_AF=0.8088;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 0/0 
1 756604 rs3131962 A G 100 PASS AC=3746;AF=0.748003;AN=5008;NS=2504;DP=28270;EAS_AF=0.8829;AMR_AF=0.8242;AFR_AF=0.4501;EUR_AF=0.8698;SAS_AF=0.8323;AA=.|||;VT=SNP GT 0|1 1|1 0|1 0|1

Quelle

2016-11-10 10:20:51

@forumAdvisor - Können Sie bitte erklären, warum oben als negativ markiert, die Ausgabe der angenommenen Antwort und meine Antwort ist gleich. –

Wie zwei Spalten aus zwei verschiedenen Dateien zu vergleichen, und fügen Sie Spalten aus Datei2 zu Datei1 für mehrere aufeinander folgende Spalten

Antwort

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