ich eine neue Conda Umgebungpip nicht Installation numba/llvmlite richtig in Conda Umgebung
[email protected]:~/project$ conda create -n test-env -c numba python=3.5.2 llvmdev=3.8
Fetching package metadata ...........
Solving package specifications: .
Package plan for installation in environment /home/user/anaconda2/envs/test-env:
The following NEW packages will be INSTALLED:
llvmdev: 3.8.1-7 numba
openssl: 1.0.2k-0
pip: 9.0.1-py35_1
python: 3.5.2-0
readline: 6.2-2
setuptools: 27.2.0-py35_0
sqlite: 3.13.0-0
system: 5.8-2 numba
tk: 8.5.18-0
wheel: 0.29.0-py35_0
xz: 5.2.2-1
zlib: 1.2.8-3
Proceed ([y]/n)? y
#
# To activate this environment, use:
# > source activate test-env
#
# To deactivate this environment, use:
# > source deactivate test-env
#
und dann aktivieren Sie es schaffen und versuchen, speziell pip (nicht Conda) zu verwenden llvmlite und numba zu installieren, die erfolgreich zu sein scheint . (Anmerkung:. Ich habe auch --no-cache-dir versucht, und es ändert nichts)
[email protected]:~/project$ source activate test-env
(test-env) [email protected]:~/project$ pip install llvmlite==0.15 numba==0.30.1
Collecting llvmlite==0.15
Collecting numba==0.30.1
Collecting numpy (from numba==0.30.1)
Using cached numpy-1.12.0-cp35-cp35m-manylinux1_x86_64.whl
Installing collected packages: llvmlite, numpy, numba
Successfully installed llvmlite-0.15.0 numba-0.30.1 numpy-1.12.0
Aber die Bibliothek nicht richtig installiert ist,
(test-env) [email protected]:~/project$ python
Python 3.5.2 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Jul 2 2016, 17:53:06)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numba
Traceback (most recent call last):
File "/home/user/anaconda2/envs/test-env/lib/python3.5/site-packages/llvmlite/binding/ffi.py", line 42, in <module>
lib = ctypes.CDLL(os.path.join(_lib_dir, _lib_name))
File "/home/user/anaconda2/envs/test-env/lib/python3.5/ctypes/__init__.py", line 347, in __init__
self._handle = _dlopen(self._name, mode)
OSError: /home/user/anaconda2/envs/test-env/lib/python3.5/site-packages/llvmlite/binding/libllvmlite.so: undefined symbol: _ZNKSt14error_category23default_error_conditionEi
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/home/user/anaconda2/envs/test-env/lib/python3.5/site-packages/numba/__init__.py", line 9, in <module>
from . import config, errors, runtests, types
File "/home/user/anaconda2/envs/test-env/lib/python3.5/site-packages/numba/config.py", line 11, in <module>
import llvmlite.binding as ll
File "/home/user/anaconda2/envs/test-env/lib/python3.5/site-packages/llvmlite/binding/__init__.py", line 6, in <module>
from .dylib import *
File "/home/user/anaconda2/envs/test-env/lib/python3.5/site-packages/llvmlite/binding/dylib.py", line 4, in <module>
from . import ffi
File "/home/user/anaconda2/envs/test-env/lib/python3.5/site-packages/llvmlite/binding/ffi.py", line 47, in <module>
lib = ctypes.CDLL(_lib_name)
File "/home/user/anaconda2/envs/test-env/lib/python3.5/ctypes/__init__.py", line 347, in __init__
self._handle = _dlopen(self._name, mode)
OSError: libllvmlite.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Warum funktioniert die Conda Installation von llvmdev vom numba Kanal "funktioniert nicht".
In meinem Anwendungsfall komme ich zu einem Projekt mit einer pip-styled requirements.txt-Datei, und ich muss Conda-Umgebungen aus dieser Datei erstellen. Einige Projektentwickler werden venv + pip verwenden, einige werden conda verwenden, und einige Pakete, die es enthält, werden nicht in Anaconda-Kanälen gefunden, daher ist eine Pip-Installation obligatorisch. Wir möchten keine separate envrionment.yaml zusätzlich zu der requirements.txt pflegen, daher ist die Installation von der requirements.txt innerhalb einer conda-Umgebung Teil meiner Constraints.
Alles scheint in Ordnung, außer für die Pip-Installation von numba/llvmlite, die eine Systemabhängigkeit von llvm 3.8+ erwartet. Das will ich aber als Teil der Conda-Umgebung erfüllen.
Wie kann ich von einer Conda-Umgebung nur sicherstellen, dass das richtige llvmdev für die Installation von numba und llvmlite existiert?
Ich kann Ihren Fehler nicht auf einer Ubuntu-VM reproduzieren, aber Sie könnten versuchen, aus dem Conda-Schmiede-Kanal zu ziehen el statt der numba dev channel und sehen, ob das hilft. – JoshAdel
Ich kann es lokal auf einer Ubuntu 16.10-Maschine reproduzieren, und auch auf einer entfernten Centos7-Maschine. Habe noch keine anderen ausprobiert. – ely
Welche Version von Conda verwenden Sie? "conda config -a" ziehst du von Opensource-Kanälen oder einem internen Spiegel? – Kelvin