1
Vor wenigen Wochen begann ich Python zu studieren, um ein Programm zu schreiben,
im Moment versuche ich einige Informationen aus einer Datei zu extrahieren, sieht es wie folgt aus:Pandas oder Numpy, Suchen, Bearbeiten und Extrahieren von Daten
MAEFILE: benopga1.01.mae
&gen
igeopt=1
iaccg=5
ip160=4
ifreq=1
ip24=2
nogas=2
iacc=1
&
&zmat
C1 18.7209160000 18.5628090000 15.2914270000
C2 17.4114700000 18.8454610000 15.7184360000
C3 17.0539910000 18.6449570000 17.0518080000
C4 18.0032320000 18.1601840000 17.9688000000
C5 19.3024250000 17.8798070000 17.5452620000
C6 19.6626680000 18.0820920000 16.2013130000
H7 18.9985910000 18.7195810000 14.2522760000
H8 16.6780090000 19.2198900000 15.0089150000
H9 16.0417370000 18.8626870000 17.3826630000
H10 17.7239350000 18.0037410000 19.0076080000
H11 20.0369730000 17.5051670000 18.2535010000
H12 20.6751990000 17.8633650000 15.8718730000
&
&guess basgss=6-311g**+ numd=5
1 Orbital Energy -11.241317 Occupation 1.000000
-0.237515017757232 -0.196647289792153 -0.000012299229451 0.000012283693667
-0.000038832391585 -0.002068759436403 0.000019096186058 0.000035102037517
-0.000178850142376 0.000386718554923 0.000028243495837 -0.000010189167830
0.000009719189111 -0.000083379603107 0.000088703347921 -0.000005323744814
0.000074406344067 -0.000034780134268 0.000042134744869 -0.000025018268285
0.000005796046950 0.000032438198590 -0.000151512252705 -0.198843760947433
-0.164626268788198 -0.000032620645254 0.000011142490285 -0.000007071762982
-0.001751134173474 -0.000117771869441 0.000056795470271 -0.000099889624378
0.000355125910896 0.000016162939390 -0.000000591018861 -0.000018504072314
-0.000043258886307 0.000085387104771 -0.000042128218464 0.000032711718420
0.000062742388095 0.000018426112961 -0.000001087454691 -0.000087393288567
0.000036394574524 -0.000046738022296 -0.189838829586922 -0.157171079929277
-0.000027575467355 0.000006987237905 0.000003880133365 -0.001671553419738
-0.000145911512315 0.000031184688524 0.000049574180168 0.000356303208123
0.000008457559748 -0.000002555314618 0.000000156292819 0.000001781216751
0.000074959304234 -0.000076740520986 0.000034291328716 -0.000015539635327
0.000048978495218 0.000007568809345 -0.000078160169234 0.000017433925123
0.000021965260595 -0.206688115052246 -0.171120694083044 -0.000024613036749
0.000000578071180 0.000028857510870 -0.001816148417123 -0.000060499311777
-0.000017129060142 0.000151731576240 0.000366295601898 0.000027273496960
-0.000008681030719 0.000003505182219 -0.000084713189897 0.000079444547592
0.000005268642305 0.000061929650436 -0.000000945876945 0.000025397622782
-0.000006331576449 -0.000059596946982 -0.000005577539402 0.000100798841928
-0.249803952550950 -0.206823550176572 0.000003194386460 -0.000011257593014
0.000044548734829 -0.002165674347528 0.000119312075990 -0.000063891648135
0.000128577103429 0.000383381470817 0.000015141171971 0.000000035916246
-0.000018789517620 -0.000044930372579 0.000110215751912 -0.000065285379334
0.000039159765842 0.000078659142665 0.000027379751909 -0.000029883760840
0.000089805971123 -0.000055471940289 0.000127658675297 -0.282967668103962
-0.234291216881311 0.000022041761553 -0.000002823143502 -0.000015098289029
-0.002411282844625 0.000189683107712 -0.000041945582722 -0.000057757033880
0.000410957267636 -0.000018584696026 0.000002703022996 0.000011405600689
-0.000005600032267 0.000119091011558 -0.000113490979291 0.000058095889213
-0.000027269439738 0.000076776523871 -0.000039022163445 0.000173859295776
-0.000036395429255 -0.000059944178961 -0.000180764515503 0.000007292236479
-0.000211164361974 0.000002900643801 0.000006787640262 -0.000032874030369
-0.000152282839545 0.000001347403058 -0.000192590475337 -0.000022257991946
0.000010326038114 -0.000016900157341 -0.000145389069678 0.000002334090915
-0.000184253055893 -0.000026241454432 0.000005721872839 0.000008503996611
-0.000157846225852 0.000005719915333 -0.000197522897687 -0.000012294624010
-0.000002547402448 0.000026305673479 -0.000190277091678 0.000012467113833
-0.000218567465104 0.000019225415536 -0.000011030299816 0.000023682450623
-0.000214624610593 0.000020667490110 -0.000229289099730 0.000031900177357
-0.000006901099326 -0.000010189424947
-------
31 Orbital Energy 0.152723 Occupation 0.000000
-0.000001484697707 -0.000002021678521 -0.011269736987441 -0.038830417095759
-0.008858615646339 0.000001192390365 -0.006923508623065 -0.023842815223962
-0.005418954995446 0.000041590787919 -0.067391763573696 -0.232026052460321
-0.052998414149352 0.001793328350150 0.000775609630928 -0.002568937981078
0.003688605910249 -0.001068780674560 -0.006386930085737 -0.000062943108962
0.199687105918283 0.687684976534009 0.156868067056184 0.000000096154362
0.000000657329257 -0.011210137098576 -0.038624144508054 -0.008813875928149
-0.000002083821188 -0.006889998263354 -0.023739788458030 -0.005413447465109
-0.000018259645012 -0.066955664071598 -0.230792413990635 -0.052580672751758
-0.003071293835289 0.004370602232574 -0.001299308397285 -0.005372985400140
-0.002350939654665 -0.002706808510529 -0.000070970422528 0.198318280915318
0.683514266154416 0.155894609381509 0.000000339923235 0.000001176339340
0.000304981657499 0.001042477771998 0.000239760902136 -0.000010467863819
0.000544040658142 0.001845662740944 0.000423422866543 0.000056642800415
0.000984897727369 0.003286180141148 0.000798961685623 0.000314520592607
-0.001550492509766 0.0.000362328854063 0.001051946495198
0.002924677897963 0.000052446885436 0.007592738586630 0.027102621203117
0.006457030833373 -0.000001674148274 -0.000002569702830 0.011036680737231
0.038036534353212 0.008683871836959 0.000011681514030 0.006437710430541
0.022161408213113 0.005042525696551 -0.000073456543616 0.066825871686029
0.230182549919537 0.052602199705660 0.001619905567722 0.001073249176964
-0.002693154744685 0.003395235925365 -0.0-0.006656299269408
-0.000031022957851 -0.208382824428751 -0.718837764254747 -0.164641719576342
0.000002139554361 0.000004317465847 0.010966267617752 0.037792975401876
0.008624771875724 -0.000011263540804 0.006373597174822 0.021999897758008
0.005010930775777 -0.000012041105775 0.066365092028384 0.228809219195351
0.052127667273958 -0.003005259795779 0.004486267413809 -0.001481007618030
-0.005217612687906 -0.002459044682008 -0.003155753438819 0.000122889172923
-0.207289443420419 -0.714788889584271 -0.162678954342172 -0.000001113015636
-0.000001539233415 0.000173647770863 0.000591026047632 0.000138309282669
0.000001767411845 0.000457220121974 0.001573303489084 0.000360204439751
0.000025047915999 0.000170009010859 0.000615396416029 0.000093891319707
0.000532222151981 -0.001708952612925 0.001176730460945 0.000768838272606
0.001104781032426 0.002758844326405 -0.000048320919224 0.010021022901790
0.035244457521757 0.007959417545553 -0.000000432884305 0.000043865349832
-0.000082946240504 0.001226683058023 0.004222389372921 0.000970314215579
-0.000002541300496 0.000035298825687 0.000101681117207 0.001224755470991
0.004192362461791 0.000964887073715 -0.000004352857236 0.000035780410422
-0.000112972423150 0.000059020531435 0.000208544008111 0.000046874782483
0.000000639601687 0.000054054494787 0.000026791342731 -0.001291902546627
-0.004454899976684 -0.001026504045236 -0.000006323623792 0.000071261955447
-0.000128521753658 -0.001293454307352 -0.004429301733713 -0.001017753159295
-0.000001046054621 0.000011841859973 0.000073751920645 0.000075884640401
0.000259775657980 0.000060453277266
&
&hess
1
1 5.357113E-01
2 -1.203890E-01 2.050867E-01
3 -5.072856E-02 -1.224648E-01 7.247686E-01
4 -2.738767E-01 5.421034E-02 8.516300E-02 6.687076E-01
5 5.862978E-02 -7.841398E-02 -6.986702E-03 -1.530589E-01 2.102981E-01
6 -4.882459E-02 2.176720E-02 -1.508757E-01 3.490960E-02 -1.293015E-01
7 1.397183E-02 -6.213820E-03 3.526196E-02 -1.359815E-01 3.130492E-03
8 -2.648252E-02 1.165820E-02 -6.485242E-03 1.013400E-02 -7.653658E-02
9 1.679309E-01 -3.235383E-02 4.798621E-03 6.244518E-03 5.348205E-02
10 -1.499543E-01 3.053092E-02 -2.007584E-02 7.869050E-02 -3.394869E-03
11 3.073586E-02 -1.093993E-02 1.498358E-03 -6.620322E-03 4.623322E-03
12 -2.113264E-02 1.886220E-03 -3.178300E-03 -1.128905E-02 1.402985E-02
13 1.358396E-01 -2.272879E-02 -9.113526E-03 -6.181379E-02 2.549849E-04
14 -3.477661E-03 4.127380E-03 1.454523E-02 -3.514229E-04 -6.286993E-03
15 -7.888047E-02 2.021552E-02 -3.514837E-02 1.840733E-02 -2.058056E-03
16 -2.177345E-01 7.626153E-02 -1.207416E-01 -3.647403E-02 1.587059E-02
17 5.247322E-02 -1.002916E-01 7.246352E-02 1.945406E-02 2.204342E-03
18 2.208958E-02 4.326027E-02 -2.152098E-01 -7.205723E-02 3.178738E-03
19 -7.725080E-02 -4.733359E-03 7.169356E-02 -1.952258E-03 -5.265493E-03
20 -4.463521E-03 -4.582251E-02 4.403138E-02 1.752013E-03 3.237253E-03
21 7.086791E-02 4.407103E-02 -3.203331E-01 -1.998051E-03 2.097618E-03
22 -1.287577E-02 9.327437E-03 -2.157959E-02 -1.881858E-01 7.230259E-02
23 2.190754E-03 3.617602E-04 4.639266E-03 7.195528E-02 -7.350281E-02
24 8.569006E-03 -4.185411E-03 9.161599E-03 -1.241089E-01 6.861581E-02
25 2.378996E-03 8.676100E-04 2.416760E-03 -4.030590E-03 2.507893E-03
26 8.991614E-04 6.328556E-03 2.086578E-03 -4.549598E-03 4.186961E-03
27 1.667829E-03 2.414920E-03 -5.566737E-03 2.914902E-02 -6.879962E-03
28 -1.480521E-03 2.999713E-04 -7.027812E-04 -1.782413E-03 3.221656E-03
29 4.484685E-04 -7.341012E-04 -1.860347E-05 3.571517E-03 5.682207E-03
30 -7.047879E-04 -1.896539E-04 1.144798E-03 -3.791107E-03 2.806446E-03
31 1.967935E-03 1.052172E-03 2.249519E-03 -1.359768E-04 -4.909666E-04
32 9.264046E-04 6.619953E-03 2.006525E-03 -5.334520E-04 -4.168043E-04
33 2.639645E-03 1.762322E-03 -4.896901E-03 1.372681E-03 -4.518228E-04
34 -1.417455E-02 2.727599E-03 1.044303E-02 -1.172401E-03 3.258573E-03
35 9.736697E-03 1.617405E-03 -4.499427E-03 3.110862E-03 5.445966E-03
36 -2.049141E-02 4.551847E-03 9.548502E-03 -3.059820E-03 2.777782E-03
6
6 6.148960E-01
7 9.694602E-02 6.987643E-01
8 2.440824E-02 -1.503817E-01 2.054470E-01
9 -2.512768E-01 -7.243872E-02 -8.990523E-02 5.654096E-01
10 -1.333717E-01 -2.054959E-01 4.717798E-02 3.344556E-02 5.490687E-01
11 3.904594E-02 7.187216E-02 -9.645819E-02 3.823231E-02 -1.192375E-01
12 -5.054405E-02 -1.138194E-01 6.829035E-02 -2.021683E-01 -6.795284E-02
13 1.102332E-01 -5.969411E-02 3.723179E-02 -1.236615E-01 -2.349015E-01
14 -3.853905E-03 1.553892E-02 2.601743E-03 3.184075E-03 6.357285E-02
15 -6.782885E-02 -6.726040E-03 -5.407333E-03 8.467873E-02 1.300986E-02
16 3.943401E-03 -4.511242E-03 1.382113E-03 -2.390661E-02 1.119908E-02
17 -2.094158E-02 1.540967E-03 -9.168102E-03 2.639755E-02 -2.632153E-02
18 1.416749E-01 -2.532995E-02 2.683847E-02 -1.501283E-01 1.674068E-01
19 2.808227E-02 -4.818105E-03 3.094910E-03 2.058231E-03 -1.745043E-03
20 -6.667732E-03 2.870215E-03 6.262360E-03 5.683060E-04 4.427648E-04
21 -5.175332E-03 2.554751E-03 4.579300E-04 1.979747E-03 -7.062836E-04
22 -1.247529E-01 8.258119E-03 -3.432272E-03 8.252649E-03 2.144433E-03
23 6.881531E-02 3.750150E-03 1.833843E-03 1.047128E-03 4.236422E-04
24 -1.804521E-01 -2.291255E-02 1.036880E-02 -1.292029E-02 3.004725E-03
25 -1.907067E-03 -3.063512E-01 5.888514E-02 8.248172E-02 -1.394043E-02
26 2.208861E-03 5.925325E-02 -5.117732E-02 -1.285134E-02 9.154041E-03
27 -3.215292E-03 8.194643E-02 -1.255761E-02 -8.551740E-02 -1.995845E-02
28 -3.296838E-03 9.060765E-03 2.748152E-03 -2.084458E-02 -7.728528E-02
29 2.687659E-03 -4.066922E-03 1.111791E-03 9.587301E-03 -4.752476E-03
30 -7.099807E-04 8.960116E-03 1.031423E-03 -1.388900E-02 7.175752E-02
31 1.691020E-03 -4.691846E-03 2.565325E-03 3.394495E-03 -1.317085E-02
32 -4.306708E-04 2.862186E-03 6.076609E-03 2.204974E-04 2.751124E-03
33 -5.486880E-04 2.398883E-03 4.941632E-04 1.520535E-03 8.765089E-03
34 -3.900191E-03 1.185306E-03 -4.557608E-04 -8.504399E-04 2.324262E-03
35 3.027231E-03 -4.660645E-04 -6.058911E-04 5.406380E-04 1.162152E-03
36 -1.076955E-03 -6.065414E-04 3.749918E-04 -1.651439E-03 1.559582E-03
11
11 2.036463E-01
12 -1.172782E-01 7.186272E-01
13 3.836605E-02 9.833300E-02 6.189527E-01
14 -8.124822E-02 -7.237159E-03 -1.586210E-01 2.107532E-01
15 2.604649E-03 -1.440396E-01 4.110175E-02 -1.227296E-01 6.810652E-01
16 -4.998799E-03 3.558635E-02 -1.517975E-01 2.806294E-03 7.703362E-02
17 1.156440E-02 -7.570831E-03 2.908585E-02 -7.398307E-02 3.881048E-02
18 -3.234759E-02 6.717726E-03 -5.807469E-02 4.951787E-02 -2.832498E-01
19 3.589195E-04 -4.708646E-04 -1.402206E-03 3.220279E-03 -3.065811E-03
20 -6.839957E-04 -2.250234E-04 3.431037E-03 5.450787E-03 2.657729E-03
21 -2.501729E-04 1.105759E-03 -3.591744E-03 2.836891E-03 -9.231576E-04
22 9.591988E-04 2.154412E-03 -1.186699E-03 -4.080684E-04 1.491628E-03
23 6.348418E-03 2.082719E-03 -5.469945E-05 -4.309774E-04 -5.945081E-04
24 1.834672E-03 -5.234314E-03 1.275562E-03 -5.273805E-04 -1.623391E-04
25 2.339952E-03 1.011159E-02 -6.364443E-04 3.209197E-03 -3.830418E-03
26 5.936686E-04 -4.692742E-03 3.085246E-03 5.692126E-03 3.099157E-03
27 4.112008E-03 9.641439E-03 -3.333572E-03 2.835538E-03 -1.490121E-03
28 -4.639572E-03 7.112198E-02 -2.059962E-03 -5.057039E-03 2.904566E-02
29 -4.581722E-02 4.419494E-02 2.063191E-03 4.243199E-03 -6.499605E-03
30 4.385196E-02 -3.204086E-01 -1.279372E-03 2.454236E-03 -5.470362E-03
31 9.879408E-03 -2.202778E-02 -1.887970E-01 7.219524E-02 -1.241630E-01
32 1.443492E-03 5.036378E-03 7.235257E-02 -7.357053E-02 6.847109E-02
33 -4.034273E-03 8.875759E-03 -1.249539E-01 6.886918E-02 -1.800114E-01
34 9.205108E-04 2.151887E-03 -3.251011E-03 2.100621E-03 -1.955914E-03
35 6.472624E-03 2.166082E-03 -4.961588E-03 3.187735E-03 1.801821E-03
36 2.475965E-03 -5.392252E-03 2.780805E-02 -7.027603E-03 -3.239105E-03
16
16 7.058893E-01
17 -1.554764E-01 2.072989E-01
18 -5.616458E-02 -9.217960E-02 5.520851E-01
19 8.981009E-03 3.289528E-03 -2.141664E-02 7.626286E-02
20 -3.842831E-03 2.156460E-03 1.000977E-02 2.846781E-03 3.642322E-02
21 9.319906E-03 1.309879E-03 -1.410448E-02 -7.646282E-02 -4.860829E-02
22 -4.402991E-03 2.531367E-03 3.289913E-03 9.021696E-04 -1.251841E-03
23 2.725604E-03 6.274671E-03 1.628016E-04 -1.156805E-03 -3.268124E-03
24 2.537554E-03 5.855487E-04 1.563713E-03 -7.394921E-04 -6.175566E-04
25 1.026188E-03 -3.997980E-04 -7.437612E-04 -2.657211E-04 1.335569E-04
26 -2.275656E-04 -6.403373E-04 4.661607E-04 -2.089260E-04 2.334557E-04
27 -8.333180E-04 4.056932E-04 -1.539848E-03 1.552873E-03 -2.872954E-04
28 -4.991017E-03 2.960965E-03 2.222760E-03 -2.021511E-05 -3.472167E-04
29 2.739691E-03 6.103553E-03 3.149083E-04 -3.757001E-04 -1.056348E-03
30 2.773596E-03 4.162969E-04 2.059696E-03 1.871311E-05 -1.472036E-04
31 8.389904E-03 -3.707522E-03 7.624896E-03 3.256189E-04 -1.070285E-04
32 3.342920E-03 8.529872E-04 1.309502E-03 2.234428E-04 9.689788E-05
33 -2.246703E-02 9.836860E-03 -1.293489E-02 -1.083503E-03 6.089104E-04
34 -3.062399E-01 5.922308E-02 8.165886E-02 5.042012E-04 -1.375289E-03
35 5.927026E-02 -5.126865E-02 -1.257008E-02 -1.443801E-03 -3.563906E-03
36 8.262465E-02 -1.283576E-02 -8.543201E-02 3.426350E-04 -1.115803E-03
21
21 3.374350E-01
22 -2.145991E-04 1.952296E-01
23 -7.899096E-04 -7.886814E-02 6.658415E-02
24 2.434416E-04 1.327314E-01 -7.490323E-02 1.874819E-01
25 -1.504871E-04 1.714452E-04 -1.179780E-03 -2.325636E-04 3.220066E-01
26 1.568302E-04 -1.102295E-03 -3.573059E-03 -1.099444E-03 -6.529751E-02
27 -3.836369E-04 -5.860705E-04 -8.976903E-04 1.021072E-03 -8.867881E-02
28 1.218173E-05 3.024906E-04 2.516389E-04 -1.141836E-03 4.239541E-04
29 -1.441930E-04 -1.026389E-04 8.840927E-05 6.332547E-04 -1.291296E-03
30 -1.374519E-04 3.812079E-04 2.389330E-04 -8.747765E-04 -1.502824E-04
31 3.851771E-04 -1.639111E-04 -1.356532E-04 -3.111450E-04 -7.902321E-04
32 1.182647E-04 -2.347572E-04 -1.084055E-03 -1.576438E-04 2.115227E-04
33 -7.593839E-04 -1.667396E-04 -1.008961E-04 -1.123286E-05 5.825404E-04
34 -2.035376E-04 -8.011347E-04 3.153121E-04 4.611029E-04 -1.316073E-04
35 -9.809362E-04 5.440663E-04 6.513052E-05 -1.662642E-04 -2.997207E-04
36 5.655858E-04 -1.044500E-03 2.754315E-04 3.638921E-04 5.800512E-05
26
26 4.236930E-02
27 1.211680E-02 8.569162E-02
28 -1.245167E-03 5.853340E-04 7.688814E-02
29 -3.211526E-03 -1.073037E-03 3.035872E-03 3.637004E-02
30 -9.073261E-04 5.569719E-04 -7.721346E-02 -4.840140E-02 3.370049E-01
31 5.516888E-04 -1.052577E-03 7.862359E-04 -1.339463E-03 -2.253878E-04
32 8.382047E-05 2.822024E-04 -1.251478E-03 -3.643525E-03 -9.503755E-04
33 -1.807402E-04 3.462591E-04 -6.238417E-04 -7.053561E-04 3.763429E-04
34 -3.067637E-04 5.290655E-05 -2.494180E-04 1.374706E-04 -1.399704E-04
35 -1.022331E-03 -2.811845E-04 -2.047648E-04 2.343184E-04 1.575352E-04
36 -2.816129E-04 2.140399E-05 1.520584E-03 -2.731030E-04 -3.847069E-04
31
31 1.959794E-01
32 -7.942207E-02 6.628383E-02
33 1.329428E-01 -7.483048E-02 1.873301E-01
34 1.308904E-04 -1.106336E-03 -1.028018E-04 3.222324E-01
35 -9.751806E-04 -3.283255E-03 -1.006349E-03 -6.565566E-02 4.251950E-02
36 -6.224509E-04 -9.048575E-04 1.125719E-03 -8.805915E-02 1.207815E-02
36
36 8.527950E-02
&ich versuche, tat Pandas zu verwenden, um durch die Datei zu suchen und der Extrakt in einer separaten Datei, was ist unten & zmat. Ich meine Linien C1
import os
import pandas
import numpy
os.chdir ("D:\\Ubuntu\downloads")
dt =pandas.read_fwf ("ga1.01.in", header =None, sep = '\s+')Leider nur Pandas zwei Spalten sehen H12 und ich kann nicht weitergekommen.
Ich plane, das gleiche für die Linien unter & hess zu tun. Welches ist der untere Wert einer symmetrischen Matrix?
http://i.stack.imgur.com/u05ZE.png
In diesem Fall 36x36, aber es wird von 5 Spalten gespeichert, während die Zeilen aufgezählt sind. Ich arbeite immer noch in einer Lösung, sobald ich in der Lage bin, diesen Teil zu extrahieren, ich nehme an, dass Pandas eine gute Wahl für dieses Thema ist. Wenn mir jemand eine Idee geben kann, wo ich anfangen soll, wäre ich dankbar für eine Hilfe.
Dank