plotten phylogenetische logistische Regression mit binärer Antwortvariable

Question

Ich benutzte das phylolm Paket, um phylogenetische Vergleichsanalyse zu machen. Da meine Antwortvariable binäre Daten (Einsen und Nullen) sind, benutzte ich die phylogenetische logistische Regression.

Wie zeichne ich die Ausgabe von phyloglm? Ich habe eine ähnliche Frage here gefunden, aber ich kann die Antwort nicht verstehen. Könnten Sie bitte einen Ratschlag geben, wie Sie die Ergebnisse darstellen können, wie hier gezeigt?

Answer 1

Am Beispiel von ?phyloglm:

library(ape) 
library(phylolm) 
set.seed(123456) 
tre = rtree(50) 
x = rTrait(n=1,phy=tre) 
X = cbind(rep(1,50),x) 
y = rbinTrait(n=1,phy=tre, beta=c(-1,0.5), alpha=1 ,X=X) 
dat = data.frame(trait01 = y, predictor = x) 
fit = phyloglm(trait01~predictor,phy=tre,data=dat,boot=100) 

Plot (Jitterbasierten) Daten und Antwort (plogis() ist die logistische Funktion der vorhergesagte Wert logistic(a+b*x), wir verwenden curve() mit add=TRUE die Linie zu zeichnen.)

par(las=1,bty="l") ## cosmetic 
plot(x,jitter(y,factor=0,amount=0.02), 
    xlab="trait",ylab="response",xlim=c(-3.5,3.5)) 
cc <- coef(fit) 
curve(plogis(cc[1]+cc[2]*x),col="red",add=TRUE) 

Die OP-Version dieser Handlung ist

, die mit einer logistischen passen perfekt in Einklang steht (auch wenn wir nicht die y-Achsen-Skala sehen), etwa über den Zwischenbereich linear sein von vorhergesagte Werte (am oberen Ende der Kurve gibt es eine Abbremsung).