Schleife über jede Datei in mehreren Verzeichnissen und gelten MergeSamFiles

Question

Ich habe eine Vielzahl von Objekten namens in drei meiner Unterordner Ordner1, Ordner2, Ordner3. Ich möchte die Bam-Dateien, die in jedem Unterordner vorhanden sind, zusammenführen und die zusammengeführten Dateien bam mit dem Namen des Unterordners (folder1.bam, folder2.bam, folder3.bam) benennen.

Befehl mehrere bam-Dateien für die Zusammenführung ist

java -jar picard.jar MergeSamFiles \ 
     I=input_1.bam \ 
     I=input_2.bam \ 
     O=merged_files.bam 

bam.dir<- c("folder1","folder2","folder3") 

for (i in 1:length(folder1)){ 
     all.bam.files <- list.files(folder1[i], pattern = "pairs.bam",full.names=T) 
     szFiles <- list.files(path = folder1[i],pattern = "_pairs.bam$",full.names = TRUE) 
     szNewFiles <- dQuote(szFiles) 
NszFiles <- paste(paste("I=", szNewFiles, sep =""),collapse = " ",sep ="") 
system(paste0("java -XX:ParallelGCThreads=5 -Djava.io.tmpdir=tmp/ -Xmx8g -jar picard.jar MergeSamFiles"), cat(c(NszFiles,"\n")), "O= ", paste(basename(folder1[i]),".bam", sep = "")) 
    } 

bekommen Fehler

Fehler im System (paste0 ("java -XX: ParallelGCThreads = 5 -Djava.io.tmpdir = tmp/-Xmx8g -jar.jar MergeSamFiles "):‚intern‘muss

WAHR oder FALSCH sein ich weiß, es ist nicht der beste Weg zu tun, aber eifrig an der ele aussehen nicht so.

Answer 1

Da Sie geneigt scheinen, bam-Dateien mit R zu bearbeiten, könnten Sie Interesse an Rsamtools haben. Es ist nur so schnell wie Sammelobjekte, weil es im Hintergrund kompilierten C-Code ausführt. https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html

Zum Beispiel:

library(Rsamtools) 

bam.dir <- c("folder1","folder2","folder3") 

for (dir in bam.dir) { 
    bam_files <- list.files(path=dir, pattern="bam$", full.names=TRUE) 
    new_file_name <- file.path(dir, "merged.bam") 
    mergeBam(files=bam_files, destination=new_file_name) 
}