Bash Schleife über Dateien in verschiedenen Verzeichnissen und Druckausgabe

Question

Ich habe *.vcf, *.vcf.vcfidx und *.vcf.idx Dateien im Verzeichnis /mypath/mydir/. Ich möchte Schleife über .vcf Dateien nur unter Befehl (für Datei 1):

Befehl für eine VCF-Datei:

vcf-subset -c sample.txt vcffile1.vcf | bgzip -c > output_vcfile1.vcf_.vcf.gz 

Kann jemand bitte Schleife über alle VCF (nicht vcf.vcfidx oder vcf.idx) helfen Dateien und erhalten Sie die Ausgabe für jede Datei im angegebenen Verzeichnis /get/inthis/dir/ mit dem oben gezeigten Befehl?

Answer 1

Verwenden Sie einfach glob Muster *.vcf:

for i in *.vcf; do echo "$i"; done 

Das glob Muster *.vcf wird in .vcf endet nur Dateien anzeigen lassen.

Ihr Befehl:

for i in *.vcf; do 
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip -c > /get/inthis/dir/output_"$i"_.vcf.gz 
done 

---

Wenn Sie für .vcf Dateien in einem bestimmten Verzeichnis suchen z.B. /foo/bar/, do:

for i in /foo/bar/*.vcf; do 
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip -c > /get/inthis/dir/output_"${i##*/}"_.vcf.gz 
done