Importieren Sie mehrere CSV-Dateien in eine Liste und überspringe Dateien, die nicht existieren

Question

Ich muss diverse csv Dateien aus einer Quelle in eine Liste importieren, indem Sie lapply verwenden.

Der Punkt ist, dass die csv-Dateien, die ich möchte, sind z.B. 100 aber die Quelle enthält nur 80 von ihnen.

Wie kann ich die Dateien überspringen, die nicht in der Quelle enthalten sind?

Hier mein Code:

stations <- read.csv("stations.csv", header = TRUE) 
filenames <- paste(stations$ID, "csv", sep = ".") #define the filenames 
directory <- "~I/am/not/that/dumb" #set directory where take files to read 
filenames <- file.path(directory, filenames) #construct the files paths 

list <- lapply(filenames, read.csv, header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE) #import the csv into a list 

Aber ich habe den Fehler:

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") : cannot open file '/Users/I/am/not/that/dumb/26003.csv': No such file or directory

offensichtlich, da die Datei 26003.csv nicht in der Quelle enthalten.

Irgendwelche Vorschläge zum Überspringen der nicht vorhandenen Dateien?

Die insgesamt zu importierenden CSV-Dateien sind >> 100, daher kann ich das nicht manuell machen.

Answer 1

Ich kann mir zwei Möglichkeiten vorstellen.

1) prüfen Existenz von Dateinamen vor (ähnlich einem Kommentar am OP Import):

stations <- read.csv("stations.csv", header = TRUE) 
filenames <- paste(stations$ID, "csv", sep = ".") 
directory <- "~I/am/not/that/dumb" 
filenames <- file.path(directory, filenames) 
filenames <- intersect(filenames, list.files(directory, full.names = TRUE)) # added 
list <- lapply(filenames, read.csv, header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE) 

2) Verwenden try/tryCatch Fehler behandeln:

A Ein einfacher Ansatz wäre:

stations <- read.csv("stations.csv", header = TRUE) 
filenames <- paste(stations$ID, "csv", sep = ".") 
directory <- "~I/am/not/that/dumb" 
filenames <- file.path(directory, filenames) 

lst <- lapply(filenames, function(x) { 
    try(read.csv(x, header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)) 
}) 

Das Ergebnis Das Listen-Objekt kann dann try-error Elemente enthalten. Wenn Sie sie entfernen möchten, können Sie

lst <- lst[sapply(lst, function(x) !inherits(x, "try-error"))]