Jupyter R Kernel stürzt ab

Question

Ich habe gerade die R essentials von Anaconda installiert (R bereits auf meinem Computer installiert), um R in Jupyter zu verwenden.

Jetzt, wenn ich ein neues R-Notebook in Jupyter öffne, bricht der Kernel nach ein paar Sekunden ab (ohne auch nur irgendwas zu tippen) und muss neu gestartet werden.

Der Fehler, den ich auf dem Terminal erhalten, ist

[I 12:30:36.297 NotebookApp] Kernel started: dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 

IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> Execution halted [I 12:30:39.299 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5) IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> Execution halted [I 12:30:42.309 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (2/5) IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> Execution halted [I 12:30:45.315 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (3/5) IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> Execution halted [W 12:30:46.485 NotebookApp] Timeout waiting for kernel_info reply from dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 [I 12:30:48.322 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (4/5) WARNING:root:kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 restarted IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> Execution halted [W 12:30:51.329 NotebookApp] KernelRestarter: restart failed [W 12:30:51.329 NotebookApp] Kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 died, removing from map. ERROR:root:kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 restarted failed! [W 12:30:51.361 NotebookApp] Kernel deleted before session

Ich denke, es könnte ein Problem mit gemeinsam genutzten Bibliotheken, aber ich kann nicht herausfinden, wie es zu lösen ...

Answer 1

(TEMP FIX ONLY)

sehen Sie diese Diskussion: https://groups.google.com/a/continuum.io/forum/#!topic/conda/nqPfPGYP--g

I wa s Lage, meine Kernel läuft mit der vorgeschlagenen temporären Lösung zu erhalten:

$ conda remove gcc libgcc

Answer 2

Ich hatte das gleiche Problem. Das Problem scheint zu sein, dass der R-Kernel in Jupyter einen anderen Ort mit einer älteren Version von ibstdC++.

unten beschriebenen Schritte für mich gearbeitet (als root angemeldet, da R und Python als root installiert wurden):

cp -fv /usr/local/lib64/libstdc++* /lib64/ 
cd /lib64 
ln -sfT libstdc++.so.6.0.21 libstdc++.so.6 

Erläuterung:

[root@SERVER ~]# strings /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 | grep CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3.1 
CXXABI_1.3.2 
CXXABI_1.3.3 
CXXABI_1.3.4 
CXXABI_1.3.5 
CXXABI_1.3.6 
CXXABI_1.3.7 
CXXABI_1.3.8 
CXXABI_1.3.9 
CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3.2 
CXXABI_1.3.6 
CXXABI_1.3.9 
CXXABI_1.3.1 
CXXABI_1.3.5 
CXXABI_1.3.8 
CXXABI_1.3.4 
CXXABI_1.3.7 
CXXABI_1.3.3 
[root@SERVER ~]# strings /lib64/libstdc++.so.6 | grep CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3.1 
CXXABI_1.3.2 
CXXABI_1.3.3 
CXXABI_1.3.4 
CXXABI_1.3.5 
CXXABI_1.3.6 
CXXABI_1.3.7 

Wir können sehen, dass/lib64/libstdC++. so.6 Punkte auf eine ältere Version als /usr/local/lib64/libstdc++.so.6

[root@SERVER ~]# ls /lib64/libstdc++.so.* -lrt 
-rwxr-xr-x 1 root root 830776 Mar 5 2015 /lib64/libstdc++.so.5.0.7 
lrwxrwxrwx 1 root root  18 Apr 29 2016 /lib64/libstdc++.so.5 -> libstdc++.so.5.0.7 
lrwxrwxrwx 1 root root  19 Jan 27 01:46 /lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.19 
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Feb 3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.19 
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Feb 3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.21 
-rw-r--r-- 1 root root  2397 Feb 3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.21-gdb.py 
[root@SERVER ~]# ls /usr/local/lib64/libstdc++* -lrt 
-rwxr-xr-x 1 root root  905 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++fs.la 
-rw-r--r-- 1 root root 10964026 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++fs.a 
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.21 
lrwxrwxrwx 1 root root  19 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.21 
lrwxrwxrwx 1 root root  19 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so -> libstdc++.so.6.0.21 
-rwxr-xr-x 1 root root  965 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.la 
-rw-r--r-- 1 root root 28847974 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.a 

Also kopierte ich alle libstd ++ fil es von/usr/local/lib64 nach/lib64 und änderte dann den Softlink, um auf die neue Version zu zeigen.