MPI_Scatter() gefolgt von malloc ergibt einen segfault

Question

Ich programmiere mit MPI und C und ich verwende den Root-Rang, um Daten aus einer Datei zu lesen und sie dann auf die verbleibenden Ränge zu verteilen. Mein MPI_Scatter funktioniert gut und ich drucke die Werte aus, um sicherzustellen, dass sie korrekt sind (und sie sind). Mein Problem ist, dass ich nach dem Zuordnen von Strukturen Fehler bei dem Versuch, auf sie zuzugreifen, von anderen Rängen als dem Root-Rang trennen.

pr_graph * graph = malloc(sizeof(*graph)); 
    .... 

    MPI_Scatter(verticesCountArray, 1, MPI_INT, &(graph->nvtxs), 1, MPI_UNSIGNED_LONG, 0, MPI_COMM_WORLD); 
    MPI_Scatter(edgesCountArray, 1, MPI_INT, &(graph->nedges), 1, MPI_UNSIGNED_LONG, 0, MPI_COMM_WORLD); 

    for(int rank = 0; rank<numProcesses; rank++){ 
     if (rank == myrank){ 
     fprintf(stderr, "%d %d \n",graph->nvtxs, graph->nedges); 
     graph->xadj = malloc((graph->nvtxs + 1) * sizeof(*graph->xadj)); 
     graph->nbrs = malloc(graph->nedges * sizeof(*graph->nbrs)); 
     // graph->xadj[graph->nvtxs] = graph->nedges; 

     } 
     MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD); 
    } 

Und meine Ausgabe lautet:

2 4 
    2 4 
    2 4 

Was ist richtig. Aber wenn ich die kommentierte Zeile auskommentiere, bekomme ich:

2 4 
    2 4 
    [phi01:07170] *** Process received signal *** 
    [phi01:07170] Signal: Segmentation fault (11) 
    [phi01:07170] Signal code: (128) 
    [phi01:07170] Failing at address: (nil) 
    [phi01:07170] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x11390)[0x7f5740503390] 
    [phi01:07170] [ 1] ./pagerank[0x401188] 
    [phi01:07170] [ 2] ./pagerank[0x400c73] 
    [phi01:07170] [ 3] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf0)[0x7f5740149830] 
    [phi01:07170] [ 4] ./pagerank[0x400ce9] 
    [phi01:07170] *** End of error message *** 
    -------------------------------------------------------------------------- 
    mpirun noticed that process rank 1 with PID 7170 on node phi01 exited on signal 11 (Segmentation fault). 

Das bedeutet, dass nur Rang 0 auf die zugewiesene Struktur zugreifen konnte. Kann mir jemand auf warum hinweisen? Vielen Dank!

EDIT:

für die beiden recvbuffers in beliebigen Werten Anstecken segfault nicht und druckt die korrekten Werte aus. Es scheint, dass der Fehler in der Verwendung von MPI_Scatter() wurzelt.

graph->nvtxs = 2; 
    graph->nedges = 4; 
    for(int rank = 0; rank<numProcesses; rank++){ 
     if (rank == myrank){ 
     fprintf(stderr, "%d %d \n",graph->nvtxs, graph->nedges); 
     graph->xadj = malloc((graph->nvtxs + 1) * sizeof(*graph->xadj)); 
     graph->nbrs = malloc(graph->nedges * sizeof(*graph->nbrs)); 
     graph->xadj[graph->nvtxs] = graph->nedges; 

     } 
     MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD); 
    } 

Answer 1

Ich fand eine Lösung für das Problem. Ich poste es zuerst und versuche dann zu verstehen, warum es funktioniert.

pr_int * nvtxs = malloc(sizeof(pr_int)); 
    pr_int * nedges = malloc(sizeof(pr_int)); 

    MPI_Scatter(verticesCountArray, 1, MPI_INT, &(nvtxs), 1, MPI_UNSIGNED_LONG, 0, MPI_COMM_WORLD); 
    MPI_Scatter(edgesCountArray, 1, MPI_INT, &(nedges), 1, MPI_UNSIGNED_LONG, 0, MPI_COMM_WORLD); 

    graph->nvtxs = nvtxs; 
    graph->nedges = nedges; 
    for(int rank = 0; rank<numProcesses; rank++){ 
     if (rank == myrank){ 
     fprintf(stderr, "%d %d \n",graph->nvtxs, graph->nedges); 
     graph->xadj = malloc((graph->nvtxs + 1) * sizeof(*graph->xadj)); 
     graph->nbrs = malloc(graph->nedges * sizeof(*graph->nbrs)); 
     graph->xadj[graph->nvtxs] = graph->nedges; 

     } 
     MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD); 
    } 

Ich glaube, ich habe keine tatsächlichen Puffer (Zeiger) für den Empfang, nur normale Variablen. Sie wurden möglicherweise während des Aufrufs von malloc in Zeiger (Adresswerte) konvertiert, und deshalb könnte die Größe der Struktur verrückt gewesen sein. Ich bin mir immer noch nicht sicher, warum ich die Werte drucken konnte, oder sogar wie Rang 0 ohne Probleme funktionierte. Irgendwelche Ideen würden sehr geschätzt werden! Vielen Dank!