2017-06-21 5 views
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Ich versuche, ein Paket neu zu installieren, das ich zuvor installieren und verwenden konnte. Ich baute ein eigenes Paket, nachdem mein Computer unerwartet neu gestartet wurde und dann Probleme beim Laden des rpgraph-Pakets auftraten. Also entschied ich mich, es zu deinstallieren und neu zu installieren. Als ich das tat, so bekam ich folgende Fehlermeldung:rjava abhängige Paketinstallation Segmentierungsfehler (Core Dumped)

library(devtools) 

library(rJava) 
install_github("Albluca/rpgraph") 


Downloading GitHub repo Albluca/[email protected] 
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master 
Installing rpgraph 
Running command /usr/lib/R/bin/R 
Arguments: 
CMD 
INSTALL 
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96 
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 
--install-tests 

installing source package ‘rpgraph’ ... 
** R 
** data 
*** moving datasets to lazyload DB 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
Segmentation fault (core dumped) 
ERROR: loading failed 
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’ 
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs,   stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback =  real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback,  stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show,  spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) :  System command error` 

Ich habe versucht, Java- und cran von Null Neuinstallation, aber irgendwie ist es etwas, das in meinem System bleibt, der das Paket installiert werden vermieden. Da der Fehler nicht sehr aussagekräftig ist, habe ich keine Ahnung, wo genau das Problem liegt.

Vielen Dank für Ihre Hilfe.

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Alles, was ich hier empfehlen kann, ist mit JDK, rJava und R zu spielen, um alles an Ort und Stelle zu bekommen. Wenn ich dieses hier benutze: http://www.owsiak.org/?p=3671 und installiere wie hier beschrieben: https://github.com/Albluca/rpgraph funktioniert es wie erwartet. – mko

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@gonzalipto, ich erlebe die gleichen Probleme nach dem Upgrade meiner Ubuntu-Distribution. Ich hatte einen früheren Snapshop meiner virtuellen Maschine, und ich habe es geschafft, das Problem zu reproduzieren. Können Sie mir sagen, ob Sie das unter Linux ausführen? Wenn ja, welche ist Ihre aktuelle Kernel-Version? – asuka

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Siehe [verwandte Frage] (https://stackoverflow.com/questions/44684612/rmongo-installation-fails-with-segmentation-fault-in-ubuntu), was darauf hindeutet, dass es mit dem installierten Linux-Kernel – daroczig

Antwort

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Dies scheint ein Fehler in den letzten Kernel-Versionen zu sein, das gleiche Problem tritt bei anderen R-Bibliotheken auf, die Java und andere Software enthalten.

Siehe https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.html und https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919.

Diese Problemumgehung funktioniert der Trick für mich:

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g" 
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Besserer Link: https://github.com/s-u/rJava/issues/110 –

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Ich habe das gleiche Problem bei der Installation der folgenden Bibliotheken erfahren: Vanneuler und Wordnet (beide abhängig von Rjava). Ich habe mit der vorgeschlagenen Lösung, danke für das Teilen gelöst. – rlar

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ich das gleiche Problem erlebt, während die Bibliotheken vanneuler und wordnet Installation und löste das Problem, die Lösung von Kenneth vorgeschlagen werden. In meinem Fall -Xss2560k die Option war genug, um zu lösen:

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"

Zusätzlich: Statt den Exportbefehl vom Terminal der Java-Option ausgeführt wird, kann direkt von der R-Sitzung mit dem folgenden Befehl eingestellt werden:

options(java.parameters = "-Xss2560k")

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