Fehler beim Erstellen eines ggplot-Jitter-Plots in r

Ich habe Probleme beim Erstellen eines ggplot-Jitter-Plots in R. Ich habe einen Datenrahmen, aa, und möchte die x-Achse mit jedem Gennamen (dh AADAT) beschriften. . Ich möchte, dass auf der y-Achse Werte für die Änderung der Falten angezeigt werden (die numerischen Werte von aa). Außerdem habe ich zwei Listen, b1 und b2, die eine bestimmte Anzahl der TCGA-Proben für jedes Gen und deren Faltänderungswerte enthalten. Ich möchte alle Faltänderungswerte aus dem Jitter-Plot basierend darauf, ob sie zu b1 oder b2 gehören, färben. Wie würde ich das tun?Fehler beim Erstellen eines ggplot-Jitter-Plots in r

dput (aa):

structure(list(TCGA.BC.A10Q = c(2.54076411223946, 1.11243159235432, 
-8.07819965644818), TCGA.DD.A1EB = c(0.437216525767862, 0.461169651797969, 
-1.35226172820141), TCGA.DD.A1EG = c(2.19320501695823, 1.27412886320315, 
-3.46331855085169), TCGA.DD.A1EH = c(3.26575582726209, 1.80298461724572, 
-4.4298527877724), TCGA.DD.A1EI = c(0.606030095793745, -0.0475743042500462, 
-3.03789531487311), TCGA.DD.A3A6 = c(2.92707172081351, 1.0710641387449, 
-4.67961035825927), TCGA.DD.A3A8 = c(0.679951440435414, 0.433630069956858, 
-2.02366124071563), TCGA.ES.A2HT = c(-0.0812955357950507, 1.76935812455138, 
0.236573023675848), TCGA.FV.A23B = c(2.29637640282035, 0.364439713535423, 
-1.94003185763597), TCGA.FV.A3I0 = c(3.196518439057, 1.39220627799838, 
-7.67942521158398), TCGA.FV.A3R2 = c(0.859594276372461, 1.0282030128145, 
0.131890257248429)), .Names = c("TCGA.BC.A10Q", "TCGA.DD.A1EB", 
"TCGA.DD.A1EG", "TCGA.DD.A1EH", "TCGA.DD.A1EI", "TCGA.DD.A3A6", 
"TCGA.DD.A3A8", "TCGA.ES.A2HT", "TCGA.FV.A23B", "TCGA.FV.A3I0", 
"TCGA.FV.A3R2"), row.names = c("ABCC10", "ACBD6", "ACSL1"), class = "data.frame")

dput (b1):

structure(list(ABCC10 = structure(c(2.19320501695823, 0.859594276372461, 
3.196518439057, 3.26575582726209, 2.29637640282035), .Names = c("TCGA.DD.A1EG", 
"TCGA.FV.A3R2", "TCGA.FV.A3I0", "TCGA.DD.A1EH", "TCGA.FV.A23B" 
)), ACBD6 = structure(c(1.80298461724572, 0.433630069956858, 
1.76935812455138, 1.27412886320315, 0.461169651797969), .Names = c("TCGA.DD.A1EH", 
"TCGA.DD.A3A8", "TCGA.ES.A2HT", "TCGA.DD.A1EG", "TCGA.DD.A1EB" 
)), ACSL1 = structure(c(-1.94003185763597, -3.46331855085169, 
-3.03789531487311, -4.4298527877724), .Names = c("TCGA.FV.A23B", 
"TCGA.DD.A1EG", "TCGA.DD.A1EI", "TCGA.DD.A1EH"))), .Names = c("ABCC10", 
"ACBD6", "ACSL1"))

dput (b2):

structure(list(ABCC10 = structure(c(2.54076411223946, 0.437216525767862, 
0.606030095793745, 2.92707172081351, 0.679951440435414, -0.0812955357950507 
), .Names = c("TCGA.BC.A10Q", "TCGA.DD.A1EB", "TCGA.DD.A1EI", 
"TCGA.DD.A3A6", "TCGA.DD.A3A8", "TCGA.ES.A2HT")), ACBD6 = structure(c(1.11243159235432, 
-0.0475743042500462, 1.0710641387449, 0.364439713535423, 1.39220627799838, 
1.0282030128145), .Names = c("TCGA.BC.A10Q", "TCGA.DD.A1EI", 
"TCGA.DD.A3A6", "TCGA.FV.A23B", "TCGA.FV.A3I0", "TCGA.FV.A3R2" 
)), ACSL1 = structure(c(-8.07819965644818, -1.35226172820141, 
-4.67961035825927, -2.02366124071563, 0.236573023675848, -7.67942521158398, 
0.131890257248429), .Names = c("TCGA.BC.A10Q", "TCGA.DD.A1EB", 
"TCGA.DD.A3A6", "TCGA.DD.A3A8", "TCGA.ES.A2HT", "TCGA.FV.A3I0", 
"TCGA.FV.A3R2"))), .Names = c("ABCC10", "ACBD6", "ACSL1"))

Quelle

2017-08-31 merryberry

Haben Sie überhaupt einen ggplot Code versuchen; Wenn ja, teile das auch. Bitte teilen Sie Ihre Daten auch in einem [reproduzierbareren Format] (https://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example) wie einem 'dput()' So ist es einfacher dir zu helfen. – MrFlick

Was haben Sie versucht, und können Sie Ihre Daten eingeben, können wir sie einfach verwenden? – User632716

Dies ist der Code, den ich ausprobiert habe (ich weiß, dass es falsch ist, ich bin nur unsicher, wie ich meinen Plot korrekt erstellen kann): – merryberry

Suchen Sie so etwas?

library(dplyr); library(tidyr); library(ggplot2) 

# convert aa from wide to long format 
aa$gene <- rownames(aa) 
aa <- aa %>% 
    gather(TCGA, fold.change, -gene) 

# convert lookup lists into data frame for matching 
match.table <- rbind(stack(b1) %>% mutate(source = "b1"), 
        stack(b2) %>% mutate(source = "b2")) 

aa <- left_join(aa, match.table, 
       by = c("gene" = "ind", "fold.change" = "values")) 

ggplot(aa, 
     aes(x = gene, y = fold.change, col = source)) + 
    geom_jitter() + 
    theme_light()

Quelle

2017-08-31 16:43:08

Fehler beim Erstellen eines ggplot-Jitter-Plots in r

Antwort

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