R coxph() Fehler: Objekt 'Ccoxmart' wurde nicht gefunden

Question

Ich erhalte jedes Mal den folgenden Fehler, wenn ich ein Cox-Modell mit dem Überlebenspaket in R starte. Dieser Fehler ist in den letzten Tagen aufgetreten. Um den Fehler zu veranschaulichen, ich bin mit einem Standard-Beispiel-Befehl, der bei https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/survival/html/coxph.html gegeben:

# Fit a stratified model, clustered on patients 
library(survival) 
bladder1 <- bladder[bladder$enum < 5, ] 
coxph(Surv(stop, event) ~ (rx + size + number) * strata(enum) + 
     cluster(id), bladder1) 

Der Fehler I ist wie folgt:

Error in fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights, : 
    object 'Ccoxmart' not found 

Ich verwende neueste Version von R [3.4. 0 (2017-04-21) - "Du dumme Dunkelheit"].

Ich habe versucht, das Überlebenspaket Handbuch für R zu konsultieren und im Internet recherchiert. Ich bin dankbar für jede Ressource oder Lösung, die Sie empfehlen können.

Answer 1

Ich kann diesen Fehler bestätigen. Es hat definitiv etwas mit dem Update von R 3.3.3 (Another Canoe) zu tun -> R 3.4.0 (You Stupid Darkness). Alle Komponententests in meinem System funktionieren am Freitag, Montag defekt.

Darüber hinaus habe ich auch ein Problem mit "Ccoxph_wtest" nicht gefunden. Muss ein ähnliches Problem sein.

Ich werde heute später mit der Fehlersuche beginnen und Sie wissen lassen, was ich gefunden habe, aber für den Fall, dass Sie jetzt wieder starten müssen, würde ich vorschlagen, zu R v3.3.3 (Another Canoe) zurückzukehren. Ich habe alle meine Unit-Tests mit v3.3.3 wiederholt und alles ist in Ordnung. Hier

ist die sessionInfo():

R version 3.3.3 (2017-03-06) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8  LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets base 


R version 3.4.0 (2017-04-21) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS 

Matrix products: default 
BLAS: /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3.0 
LAPACK: /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3.0 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8  LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets base  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] compiler_3.4.0 

Meine Lösung war neu installieren das Überleben Paket. Installieren Sie es direkt über dem Original. install.packages("survival").

Answer 2

Sie müssen neu installieren Pakete, die C oder Fortran in R verwenden 3.4.0:

update.packages(checkBuild=TRUE) 

Sehen Sie diese post

Packages which register native routines for .C or .Fortran need to be re-installed for this version (unless installed with R-devel SVN revision r72375 or later)